9 (22) апреля 1918 года Закавказский Сейм провозгласил Закавказье "независимой, демократической и федеративной республикой". 13 (26) мая 1918 года по требованию Османской империи был распущен Закавказский Сейм и его мусульманская фракция единогласно приняла решение о создании Азербайджана, как "независимой демократической мусульманской республики в пределах Восточного и Южного Закавказья", провозгласив себя Временным Национальным Советом мусульман Закавказья, который 22 мая (4 июня) 1918 года в г.Батуме подписал договор о мире и дружбе с Османской империей, согласно которому турецкие войска брали под свою защиту все территории Закавказья, населенные мусульманами.
В условиях продолжающегося наступления турецких войск Временный Национальный Совет мусульман Закавказья и созданное им временное правительство переехали 3 (16) июня 1918 года из г.Тифлиса в г.Елизаветполь, переименованный ими в Гянджу. На следующий день командующий турецкими войсками, которые к тому времени заняли Гянджу, распустил Временный Национальный Совет мусульман Закавказья и его правительство. В состав нового правительства вошли убежденные пантюркисты, 8 (21) июня 1918 года постановлением правительства было установлено (cм.текст на сайте президентской библиотеки Азербайджана):
"признать флагом Азербайджана флаг, изготовленный из красной материи с изображением белого полумесяца и белой восьмигранной звезды на красном фоне"
По мнению Л.Н.Стрельцова , это был прежний красный флаг с белым полумесяцем рожками к древку, но Бен Кахун (Ben Cahoon) на своём сайте WorldStatesmen.org и А.А.Цуциев в "Атласе этнополитической истории Кавказа (1774-2004)" приводят иное изображение, подобное турецкому флагу, т.е. с рожками, направленными от древка. Об этом же флаге упоминает и энциклопедический словарь Гранат (т.1, 1910). Очевидно, его появление связано с идеологией османского тюркизма (туркчилик), предусматривавшей объединение всех тюркских народов в составе Османской империи, по образу и подобию флага которой и был создан флаг мусульман Закавказья. Этот флаг использовался на состоявшемся в мае 1917 года в г.Москве Первом Всероссийском мусульманском съезде.
После ряда крупных поражений на всех фронтах Первой мировой войны правительство Османской империи 22 сентября (5 октября) 1918 года приняло решение об эвакуации всех османских войск с Кавказа, 13 (26) октября 1918 года была расформирована и Кавказская мусульманская армия. 4 (17) ноября 1918 года в г.Баку высадились британские войска. Изменение военно-политической обстановки привело как к изменению политической ориентации (от протурецкой к проантантовской), так и к изменению государственных структур и их символов. Был воссоздан распущенный турками в июне 1918 года Национальный Совет, который на своем заседании 6 (19) ноября 1918 года по рекомендации командования британского экспедиционного корпуса принял решение о проведении выборов в парламент, его структуре, правительственных учреждениях и т.д.
9 (22) ноября 1918 года на заседании Совета Министров на основе доклада его председателя Фатали хана Хойского о национальном флаге был принят новый флаг, созданный и изготовленный в Турции одним из идеологов и лидеров азербайджанского национального движения, основателем и председателем ЦК Тюркской демократической федеративной партии "Мусават" ("Равенство") Мамедом Эмином Расулзаде (1884-1955) и Гюльмамедом Багировым:
"Постановили: национальным флагом признать флаг, состоящий из зеленого, красного и голубого цветов с белым полумесяцем и восьмигранной звездой"
В своём докладе премьер-министр Ф.Хойский отметил, что полумесяц символизирует ислам, а число лучей 8-конечной звезды соответствует количеству букв в названии страны – «Азербайджан» (в арабском алфавите тюркского языка Азербайджана).
24 ноября (7 декабря) 1918 года открылось первое заседание парламента Азербайджанской Республики, здание которого и зал заседаний были украшены трёхцветными флагами с полумесяцем и звездой. При этом белые полумесяц и 8-конечная звезда располагались в центре красной полосы, не выходя на голубую и зеленую. Выступая на первом заседании парламента М.Э.Расулзаде отметил:
"…это трёхцветное знамя, символизирующее независимый Азербайджан, поднятое Национальным советом и означающее тюркскую свободу, исламскую культуру и современность, будет всегда развеваться над нами".
В опубликованной 27 ноября (10 декабря) 1918 года в газете "Азербайджан" статье М.Э.Расулзаде писал, что три цвета на флаге являются символами тюркской национальной культуры (голубой), современной европейской (красный) и исламской цивилизации (зеленый).
Использованы материалы статьи Сабухи Ахмедова "Государственный флаг Азербайджанской Республики" в журнале "IRS-Наследие" №2(44) за 2010 год
На выпущенной 15 марта 1919 года в обращение первой почтовой марке Азербайджана (автор – художник Зейнал Гаджига оглы Ализаде) был изображен аскер (солдат) с развевающимся флагом, на котором изображение полумесяца выходило на голубую и зеленую полосы полотнища. Такое же изображение флага приведено и проф.В.Трембицким в его исследовании досоветских флагов (W.Trembicky, Flags of Non-Russian peoples under Soviet Rule, The Flag Bulletin, VIII:3, Lexington, 1969)
Существование Азербайджанской Республики и её флага прекратилось, когда 27 апреля 1920 года части XI Красной Армии РСФСР перешли азербайджанскую границу и 28 апреля вошли в г.Баку, поддержав восстание, организованное Азербайджанской коммунистической партии (большевиков), создавшей Революционный комитет (ревком), который провозгласил установление советской власти и Азербайджанскую Социалистическую Советскую Республику.