После распада СССР корабли Каспийской флотилии, доставшиеся Азербайджану, подняли государственный флаг республики.

В частности на сайте http://www.azerizv.az/article.php?id=10205 сказано: 26 июля 1992 года на корабле "Бакинец" был поднят трехцветный государственный флаг независимого Азербайджана.

В 1996 году были подготовлены проекты комплекса военно-морских флагов Азербайджана. 4 ноября 1997 года эти флаги были утверждены. Кормовым флагом ВМС Азербайджана стало белое полотнище с голубой полосой, имитирующей морские волны, по нижней кромке. У древка - красные полумесяц и звезда, в вольной части - синия якорь, обвитый канатом. Прообразом флага вероятно стал флаг ВМФ СССР.

Вымпел кораблей ВМС трёхцветный цветов национального флага, в головке флаг ВМФ.

Флаг вспомогательных судов ВМС - тёмно-синее полотнище, в крыже - флаг ВМФ.

Должностной военно-морской флаг Президента Азербайджана - белое полотнище, в центре которого наложенный на национальный триколор государственный герб, по нижней кромке полотнища символическое изображение морских волн.

Флаг Министра обороны повторяет кормовой флаг ВМС, но эмблемы наложены на широкую голубую полосу, якорь обрамлен золотым венком, перевязанным лентой национальных цветов.

Флаг Командующего ВМС повторяет кормовой флаг, но якорь обрамлен золотым венком, перевязанным лентой национальных цветов; полумесяц и якорь наложены на две узких горизонтальных голубых полосы.

Флаг Начальника Штаба ВМС, то же, но горизонтальная синяя полса одна.

Флаг командира группы кораблей. То же, но без горизонтальных синих полос.

Брейд-вымпелы имеют в головке флаг ВМС, косицы: у командира группы - красные, у командира дивизиона - синие, у старшего на рейде (?) - белые.

Текст страницы составлен по материалам вексиллологического архива А.Басова