Государственная пограничная служба Азербайджана создана указом президента от 31 июля 2002 года. Знамёна и флаги Государственной пограничной службы утверждены указом президента Азербайджана от 14 января 2004 года.
Знамя пограничных войск Государственной пограничной службы. Лицевая сторона знамени в общем повторяет государственный флаг. На оборотной стороне знамени в центре полотнища добавлена эмблема, под эмблемой надпись: "Государственная пограничная служба. Пограничные войска". (Dövlət Sərhəd Xidməti. Sərhəd Qoşunları)
Знамя пограничного легиона №... пограничных войск Государственной пограничной службы. Лицевая сторона знамени в общем повторяет государственный флаг. На оборотной стороне знамени в центре полотнища добавлена эмблема. Надпись под эмблемой: "Пограничные войска. Пограничный легион №..." (Sərhəd Qoşunları. 00-ci Sərhəd Dəstəsi).
Знамя части №... пограничных войск Государственной пограничной службы. Лицевая сторона знамени в общем повторяет государственный флаг. На оборотной стороне знамени в центре полотнища добавлена эмблема. Надпись под эмблемой: "Пограничные войска. Войсковая часть №..." (Sərhəd Qoşunları. 0000 saylı Hərbi Hissə).
По материалам Й.Паттке (J.Pattke, Германия).
Суда Государственной пограничной службы несут зеленый флаг, в кантоне которого изображен военно-морской флаг Азербайджана.
Вымпел судов Государственной пограничной службы - зеленое полотнище с двумя косицами, в головке военно-морской флаг Азербайджана.
Брейд-вымпел командира группы кораблей Государственной пограничной службы.
Флаги флоских командиров различного ранга повторяют флаг судов Госпогранслужбы, но дополнены различным количеством белых восьмиконечных звезд.
Командующий Пограничными войсками Государственной пограничной службы - три звезды.
Начальник Генерального штаба Пограничных войск Государственной пограничной службы - две звезды.
Командир группы кораблей Государственной пограничной службы - 1 звезда.
Флаг Президента Азербайджана - Верховного главнокомандующего, когда он находится на борту судна Государственной пограничной службы: зеленое полотнище с военно-морским флагом в крыже и изображением государственного герба Азербайджана в свободной части.
По материалам Й.Паттке (J.Pattke, Германия).