Вилейка отошла к России после второго раздела Речи Посполитой (1793). В 1998 году указом президента РБ город Вилейка и Вилейский район объединены в одну административно-территориальную единицу. Вилейка стала городом районного подчинения.

Флаг Вилейского района и Положение о нём утверждены Указом Президента РБ "Об утверждении официальных геральдических символов административно-территориальных единиц Минской области" №625 от 18 ноября 2008 года. Официальное описание флага:

"Флаг Вилейского района представляет собой прямоугольное полотнище красного цвета с соотношением сторон 1:2, в центре лицевой стороны которого размещено обрамленное белой каймой изображение герба города Вилейки и Вилейского района".

Материалы Национального реестра правовых актов Республики Беларусь