27 июня 1923 года правительство Эстонской Республики утвердило Положение «О специальных символах государственных органов на государственном флаге и вымпелах (персональных опознавательных флагах)» («Riigiasutuste erimärgid riigilipul ja vimplid (isiklikud märklipud)», htps://www.riigiteataja.ee/failid/RT95-lk-694-1923.pdf), которым был, наряду с другими флагами и вымпелами, утвержден таможенный флаг (tollilipp) с описанием:
"Таможенные органы имеют таможенный флаг (tollilipp) со специальным знаком - на алом (эст. helepunases) квадрате белая буква «T», которая наложена на чёрного цвета эмблему Меркурия.
После восстановления независимости Эстонии был восстановлен и таможенный флаг: 1 декабря 1994 года вступило в силу постановление правительства Эстонской Республики от 25 октября 1994 года №389 «Об утверждении изображения особого знака таможенного флага»
"1.Особый знак таможенного флага – светло-красный (алый) квадрат с белой буквой «Т», за которой вертикально изображена эмблема Меркурия чёрного цвета.2. Особый знак таможенного флага размещается в левом верхнем углу государственного флага. Сторона квадрата особого знака равна ширине полосы синего цвета».В примечании к цветному изображению флага в приложении было указано, что «оттенок красного цвета соответствует цвету 1925 в международной системе цветов PANTONE".
Это постановление было отменено принятым 30 мая 2000 года постановлением правительства Эстонской Республики №170, которым было утверждено «Описание таможенного флага, таможенного герба и таможенной эмблемы» Tollilipu, tollivapi ja tolliembleemi kirjeldus:
«(1) Таможенный флаг – это государственный флаг, в верхнем углу которого у древкового края расположен особый знак таможенного флага.
(2) Особый знак таможенного флага – это светло-красный (алый) квадрат с белой буквой «Т», за которой вертикально расположена эмблема Меркурия чёрного цвета – крылатый жезл, вокруг которого переплетены две змеи. Оттенок красного квадрата соответствует цвету 1925 в международной таблице цветов PANTONE. Ширина стороны особого знака таможенного флага равна высоте синей полосы государственного флага»
Это описание без изменений было повторено в утвержденных постановлениями правительства Эстонской Республики от 4 декабря 2001 года №375 и от 27 апреля 2004 года №140 «Описаниях таможенного флага, таможенного герба и таможенной эмблемы» (Tollilipu, tollivapi ja tolliembleemi kirjeldus), принимавшихся в связи с изменениями в таможенном законодательстве Эстонии.
18 сентября 2005 года вступило в силу постановление правительства Эстонской Республики от 1 сентября 2005 года №229 «Об изменениях в постановлении Правительства Республики от 27 апреля 2004 года №140 «Описание таможенного флага, таможенного герба и таможенной эмблемы»(Vabariigi Valitsuse 27. aprilli 2004. a määruse nr 140 "Tollilipu, tollivapi ja tolliembleemi kirjeldus" muutmine, которым было установлено новое изображение и описание особого знака таможенного флага:
"(2) Особый знак таможенного флага – белый квадрат с крылатым жезлом Меркурия из переплетенных змей чёрного цвета. Ширина стороны квадрата равна высоте синей полосы государственного флага