Анияская волость названа в честь деревния Ания. В современных границах волость создана в 2002 году путем объединения двух самоуправлений - города Кехры и Анияской волости. Административный центр - г.Кехра. В 2017 году к Анияской волости присоединена Аэгвийдуская поселковая волость.

Проекты флага Анияской волости разработан эстонским геральдистом Прийтом Геродесом в 2002 году. Первый проект выполнен на основе старого флага Кехры - 13 синих и белых полос попеременно, в центре герб волости; второй флаг - гербовый флаг, соответствующий гербу волости. Властями волости был одобрен первый вариант, но герб было решено изображать не в центре полотнища, а в кантоне. 19 июня 2003 года флаг утвержден волостным советом, 19 августа подтвержден государством.

Город Кехра (Kehra) - центр Анияской волости, был отдельным муниципалитетом и имел собственные символы.

Флаг города Кехры утвержден 8 октября 1993 года и просуществовал до 2002 года, когда Кехра стала частью Анияской волости.

До объединения муниципалитетов в 2002 году Анияская волость использовала флаг из зеленой и синей горизонтальных полос, в крыже - герб волости - гусь на синем поле.