Город Хаапсалу является административным центром Ляэнеского (Западного) уезда.

По сведениям официального сайта органов самоуправления города Хаапсалу флаг города Хаапсалу был принят в 1930-е годы.

В подготовленном к подписанию в июне 1940 года проекте указа президента Эстонской Республики флаг Хаапсалу был описан следующим образом:

"Флаг города Хаапсалу состоит из двух белых и одной синей и двух синих и одной белой полосы, расположенных в определенном порядке: древковая часть флага, составляющая 1/3 длины, состоит из трёх равных полос, верхней и нижней – белых и между ними – синей Вторая часть составляет 2/3 длины флага и состоит из полос такой же ширины, противоположных цветов".

Как и у флагов других городов Эстонии, в проекте указа предполагалось установить отношение ширины и длины флага как 1:2 и нормальный размер 110х220 см. В связи с начавшейся 16 июня 1940 года советизацией Эстонии указ не был подписан.

В Эстонской ССР городской флаг не использовался, а после восстановления независимости Эстонской Республики довоенный флаг был изменён и зарегистрирован её Государственной канцелярией 27 сентября 1994 года с описанием:

"Флаг белый синий 825 x 1650"

Использованы материалы сайта Государственной канцелярии Эстонской Республики

В парагафе 5 устава города Хаапсалу (Haapsalu põhimäärus), принятого 28 марта 2003 года решением №9 Хаапсалуского городского Собрания флаг описан следующим образом:

"Исторический флаг Хаапсалу состоит из двух частей. Первая часть (1/3) состоит из трех равных по ширине [полос] - вверху и внизу синие, в середине - белая. Вторая часть (2/3) состоит из трех равных по ширине [полос] - вверху и внизу белые, в середине синяя. Отношение длины и ширины городского флага как 2:1 и нормальный размер 1650х825 мм".