Палдиски - городское самоуправление в составе Харьюского уезда. Основан лично Петром I 23 июля 1718 года. В 1723 – 1762 годах назывался Рогервик, в 1762-1922 годах – Балтийский Порт, в 1922 – 1934 годах – Балтиски (эст. Baltiski), с 1934 года – Палдиски. До 1991 года имел статус закрытого административно-территориального образования (ЗАТО), находившегося в ведении Министерства обороны СССР. В 1994-1996 годах имел статус части города Кейла. В 2017 году город Палдиски вошёл в состав Ляэне-Харьюской волости.

В подготовленном к подписанию в июне 1940 года проекте указа президента Эстонской Республики флаг города Палдиски был описан следующим образом:

"Флаг города Палдиски – флаг, состоящий из трёх синих и двух белых полос, расположенные таким образом, что с краёв флага, вверху и внизу находятся синие полосы в 2/7 ширины флага, между ними белые полосы в 1/7 ширины флага, в середине флага синяя полоса в 1/7 ширины флага"

Как и у флагов других городов Эстонии, в проекте указа предполагалось установить отношение ширины и длины флага как 1:2 и нормальный размер 110х220 см.

В связи с начавшейся 16 июня 1940 года советизацией Эстонии указ не был подписан.

До 1994 года г.Палдиски оставался последним объектом расположения Вооруженных Сил Российской Федерации в Эстонии. 30 августа 1994 года Палдиски покинул последний российский военный корабль. 15 мая 1994 года г.Палдиски был включён в состав города Кейла (в связи со значительным уменьшением численности жителей, обусловленным массовым выездом российских военнослужащих и членов их семей, и малой долей граждан Эстонии в составе оставшихся жителей).

1 декабря 1994 года управа части города Кейла Палдиски (Paldiski Keila linnaosa valitsus) приняла флаг Палдиски, который был зарегистрирован в Государственной канцелярии Эстонской Республики с описанием:

"Синий прямоугольный флаг с двумя параллельными белыми горизонтальными полосами в 1/9 и расположенных друг от друга на расстоянии в 1/9 частей ширины флага. Отношение ширины и длины флага как 7:11 и нормальный размер флага 105х165 см"

Использованы материалы сайта Государственной канцелярии Эстонской Республики.

20 октября 1996 года Палдиски был выведен из состава города Кейла с предоставлением ему прав отдельного городского самоуправления в составе Харьюского уезда. Вследствии этого флаг изменен не был и был закреплён в уставе города (Paldiski linna põhimäärus, принятом 30 октября 1997 года Палдискиским городским собранием решением №30.

Описания флага в уставе города 2000 года и ныне действующем уставе 2007 года ) остались без изменений по сравнению с описанием 1994 года.