Город Вильянди - административный центр Вильяндиского уезда (Viljandi maakond, Viljandimaa).

Флаг г.Вильянди был разработан на основе проекта герба города (в синем щите белая геральдическая роза) специальной комиссией и единогласно утверждён вместе с гербом города на заседании Вильяндиского городского собрания 23 января 1929 года, как прямоугольное полотнище из двух горизонтальных равновеликих полос: верхней – белой (цвет белой розы в городском гербе) и нижней - синей (цвет щита в городском гербе).

Флаг и герб г.Вильянди были подтверждены 6 марта 1929 года правительством Эстонской Республики. 30 мая 1937 года в описании флага был уточнен оттенок синего цвета и указано, что он должен быть кобальтово-синий (koobaltsinise).

Использованы материалы статьи Ilmar Ermus «Eesti keskaegsed linnapitsatid» на проекте указа президента Эстонской Республики флаг Вильянди был описан следующим образом:

"Флаг города Вильянди – флаг, состоящий из равных светло-синей и белой полос, светло-синей вверху и белой внизу".

Как и у флагов других городов Эстонии, в проекте указа предполагалось установить отношение ширины и длины флага как 1:2 и нормальный размер 110х220 см.

В связи с начавшейся 16 июня 1940 года советизацией Эстонии указ не был подписан. В Эстонской ССР флаг Вильянди не использовался.

Описанный в проекте указа президента 1940 года флаг был утверждён Вильяндиским городским собранием 20 мая 1992 года и зарегистрирован в Государственной канцелярии Эстонской Республики с описанием:

"Флаг состоит из двух равных по ширине полос - светло-синей (кобальтово-синей) и белой. Светло-синяя полоса расположена сверху и соответствует синему цвету герба.Отношение длины и ширины флага как 2:1"

Использованы материалы сайта Государственной канцелярии Эстонской Республики

В уставе города Вильянди (Viljandi linna põhimäärus), принятом 26 января 1996 года Вильяндиским городским собранием решением №96, флаг был описан следующим образом:

"§12. (3) Флаг города Вильянди состоит из двух равных по ширине полос - светло-синей (кобальтово-синей) и белой. Светло-синяя полоса расположена сверху и соответствует синему цвету герба. Отношение длины и ширины флага как 2:1 и нормальный размер 220х110 см"

Использована электронная копия приложения к уставу на официальном сайте Вильянди.

В § 34 устава города Вильянди (Viljandi linna põhimäärus), принятого 29 февраля 2012 года Вильяндиским городским собранием решением №109, описание флага приведено без изменений, за исключением того, что изменено отношение ширины и длины (вместо прежних 1:2 стало 7:11, как у государственного флага Эстонии):

"Отношение ширины и длины флага как 7:11. Для вывешивания на здании или подъёма на флагштоке минимальный размер флага должен быть 105х165 см".