2 июля 1991 года Президиум Верховного Совета Республики Кыргызстан своим постановлением №553-XII "О Государственном флаге Республики Кыргызстан" образовал Комиссию по созданию новой государственной символики Республики Кыргызстан.
31 августа 1991 года Верховный Совет Республики Кыргызстан принял «Декларацию о государственной независимости Республики Кыргызстан». Первоначально флагом независимой Киргизии оставался Государственный флаг Киргизской ССР, принятый в 1952 году.
25 февраля 1992 года Президиум Верховного Совета Республики Кыргызстан рассмотрел предложения Комиссии по созданию новой государственной символики и своим постановлением №723-XII внес на рассмотрение сессии Верховного Совета Республики Кыргызстан отобранные жюри проекты:
"- проект флага с изображением ак тундука и силуэта горы на голубом фоне, а также проект флага с изображением красного тундука и лучистого солнца на голубом фоне (авторы – Сабыр Иптаров, Бекбосун Жайчыбеков, Маматбек Сыдыков, Эдиль Айдарбеков);
- проект флага с изображением голубого тундука в центре треугольника, помещенного в начале красной, белой и зеленой полос, а также проект флага голубого, белого, оранжевого, зеленого цветов с изображением тундука в верхнем углу (авторы – Жусуп Матаев, Тургунбай Садыков)".
После бурного обсуждения на заседании 8-ой сессии Верховного Совета Республики Кыргызстан 3 марта 1992 года, на котором депутаты демократической ориентации поддерживали проект с изображением тюндюка и солнца на голубом полотнище, а настроенные коммуно-патриотически – требовали изменить проект таким образом, чтобы в его основе был красный флаг (их главным аргументом было то, что в национальном эпосе «Манас» упоминается, что у героя Манаса было красное знамя), большинством голосов был принят вариант с красным полотнищем, который был утвержден принятым постановлением Верховного Совета Республики Кыргызстан от 3 марта 1992 года №787-XII "О Государственном флаге Республики Кыргызстан":
"Верховный Совет Республики Кыргызстан постановляет:
Считать Государственным флагом Республики Кыргызстан флаг из красного полотнища, в центре которого размещен круглый солнечный диск с сорока равномерно расходящимися лучами золотистого цвета с помещенным внутри солнечного диска изображением тюндюка кыргызской юрты краcного цвета".
"Вечерний Бишкек", 5 марта 1992 года, С.2
Одновременно описание флага было внесено в статью 168 Конституции Республики Кыргызстан (которая представляла собой принятую 20 апреля 1978 года Конституцию (Основной Закон) Киргизской ССР с изменениями):
"Государственный флаг Республики Кыргызстан представляет собой полотнище красного цвета, в центре которого размещен круглый солнечный диск с сорока равномерно расходящимися лучами золотистого цвета. Внутри солнечного диска красным цветом изображен тюндюк кыргызской юрты. Ширина флага составляет три пятых его длины. Диаметр лучистого диска составляет три пятых ширины флага. Соотношение диаметров солнечного и лучистых дисков - три к пяти. Диаметр тюндюка составляет половину диаметра лучистого диска".
Энциклопедия Кыргызского Права. ОНЛАЙН
5 марта 1992 года флаг был торжественно поднят на здании Дома Правительства Республики Кыргызстан и заменил флаг Киргизской ССР у здания ООН. Официальное толкование символики флага гласило:
"Красная одноцветность флага символизирует доблесть и смелость, золотое Солнце, купающееся в своих лучах, олицетворяет покой и богатство, а тюндук - символ отчего дома, в более широком понимании и мира как вселенной. 40 лучей, объединённых в круг, означают объединение 40 древних племён в единый Кыргызстан. Тюндук символизирует единство народов, проживающих в стране. Красный цвет флага был цветом флага великодушного Манаса"
5 мая 1993 года двенадцатая сессия Верховного Совета Республики Кыргызстан двенадцатого созыва приняла Конституцию Кыргызской Республики, которой было установлено новое название государства – Кыргызская Республика и в статье 6 определено, что "Кыргызская Республика имеет государственные символы - Флаг, Герб, Гимн. Их описание и порядок официального использования устанавливаются законом".
6 августа 2004 года после официального опубликования вступил в силу принятый 20 мая 2004 года Законодательным Собранием Жогорку Кенеша Кыргызской Республики Закон №91 «О государственных символах Кыргызской Республики», в статье 3 которого описан флаг:
"Государственный флаг Кыргызской Республики представляет собой красное прямоугольное полотнище, в центре которого размещено изображение круглого солнечного диска с сорока равномерно расходящимися лучами золотистого цвета, с помещенным внутри солнечного диска изображением тюндюка кыргызской юрты красного цвета. Ширина флага составляет три пятых его длины. Диаметр лучистого диска составляет три пятых ширины флага. Соотношение диаметров солнечного и лучистого дисков - три к пяти. Диаметр тюндюка составляет половину диаметра лучистого диска"
Для справки - тюндук киргизской юрты.
Источник фото - http://olivier.loudet.net/
В 2011 году в Парламенте Киргизии было решено создать комиссию по изменению государственной символики страны. Нашлись противники красного цвета на флаге, заявляющие, что красный - цвет крови и именно он виновник кровопролитий и переворотов в стране. Профессор Аскар Какеев заявил, что красный цвет флага "якобы коммунистический", тюндук изображен в виде подсолнуха, который киргизы считают символом человека, не способного отстоять свою независимость, "Тюндук как бы охвачен пламенем, поэтому в Киргизии не устанавливается мир и спокойствие".
C инициативой смены флага выступил депутат от фракции "Ар-Намыс" Абдырахман Маматалиев. Ему же было поручено сформировать комиссию по рассмотрению проектов нового флага. В комиссию вошли по 3 представителя от каждой фракции и представители творческой интеллигенции. На рассмотрение комиссии предложено несколько вариантов флага: белый тюндюк на голубом полотнище, тюндюк на красном полотнище с синими и белыми полосами внизу (по образцу флага Киргизской ССР), полотнище из красной, белой и синей вертикальных полос с тюндюком в центре. Нашлись историки, которые стали утверждать, что синий цвет был цветом героя национального эпоса Манаса.
В октябре 2011 года инициативная группа выступила с предложением утвердить для Кыргызстана альтернативное название "Страна небесных гор" и изобразить горы на государственном флаге.
По сообщению В.Попоски со ссылкой на http://www.knews.kg/
В июне 2011 году представительница группы авторов флага Г.Муктарова заявила, что ей было видение, где высшие силы ее "попросили передать киргизскому народу, чтобы цвет флага был голубым с изображением взлетающего барса", также она заявила, что новый флаг "поддерживает сам Манас".
Источник - http://umma.org.ua/ru/news/SNG/2011/06/01/235
В феврале 2012 года комиссии Жогорку Кенеша (парламента) были представлены варианты государственного флага. От общественного объединения "Гражданская инициатива" проект флага защищал Кунай Медеткан, на бирюзовом полотнище изображены "небесные горы". Творческой интеллигенцией (группа под руководством Орозбека Байкожоева) был предложен синий флаг с руновым написанием знака Манаса. Проект Тенира Жээнбекова - солнце и 40 звезд вокруг него.
Источник - http://tengrinews.kz/sng/208454/
В проекте Таланта Мамазаирова на синем полотнище (цвет флага Манаса) изображен тюндюк и 7 звезд, символизирующих 7 областей страны, 7 колен отцов, 7 заповедей Манаса, луна символизирует мусульманскую республику.