20 декабря 1990 года Верховный Совет Латвийской Республики «О государственной границе» (Par Latvijas Republikas valsts robežu). Первоначально пограничные силы были сформированы в составе Национальных вооруженных сил Латвии. 13 декабря 1991 года приказом министра обороны были созданы 1-й Валмиерский, 2-й Вилякский, 3-й Лудзенский, 4-й Даугавпилсский, 5-й Елгавский, 6-й Лиепайский, 7-й Вентспилсский пограничные батальоны и Рижский отдельный контрольно-пропускной пункт, из которых в феврале 1992 года была создана Пограничная бригада. В 1997 году органы управления и Пограничная бригада были выведены из подчинения Национальных вооруженных сил Латвии и включены в состав Министерства внутренних дел Латвийской Республики, где была сформирована Государственная пограничная охрана (Valsts robežsardze, VRS).

Флаг представляет собой зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 с прямым крестом цветов государственного флага Латвии (повторяет военно-морской флаг Латвии, но вместо белого полотнища – зелёное). Флаг был впервые поднят 18 апреля 1992 года на мачте пограничного корабля в Вентспилском районе (поселок Микельторнис).

Флаг поднимается на фок-стеньге, в качестве кормового флага используется государственный флаг Латвии.

Использованы материалы и фотографии сайта Юрия и Сергея Мелконовых

С целью разработки знамён бригад Пограничной охраны министром обороны была утверждена комиссия по символике. Министр обороны 12 декабря 1996 года приказом №372 утвердил знамя Пограничной бригады – знамя сил Пограничной охраны. 26 февраля 1999 года было одобрено Латвийской государственной Геральдической комиссией и 19 ноября 1999 года утверждено приказом №439 начальника Государственной пограничной охраны "Положение о знамёнах Государственной пограничной охраны", которым было установлено, что

"знамёна Государственной пограничной охраны имеют единые символы и девиз «Latvija, tu zeme svēta, Tevi sargāt mūsu gods!» ("Латвия, ты святая земля, Твою честь мы защитим!"). Знамёна изготавливаются размером 92 см х 157 см. Знамя с правой стороны темно-зеленое и с левой стороны - светлое. Боковые края знамени украшает бахрома из жёлтых нитей длиной 7 см. Длина древка знамени составляет 3 м, диаметр – 4 см, цвет – светло-коричневый. В центре знамени изображается эмблема Государственной пограничной охраны, высота эмблемы 44,5 см, помещена в жёлтом щите с контуром.
Описание эмблемы Государственной пограничной охраны: в центре расположен пограничный столб латвийских национальных цветов. Над пограничным столбом полукругом три пятиконечные золотые звезды. Пограничный столб держат слева лев карминового цвета, справа - серебряный грифон. Под пограничным столбом стилизованные дубовые ветви, оплетенные лентой карминово-белых национальных цветов с соотношением шинины 2:1:2. Над эмблемой государственной пограничной охраны в форме полукруглых арок надписи желтыми буквами высотой 7 см: ROBEŽSARGU BRIGĀDE Внизу, под эмблемой Государственной пограничной охраны дата желтыми цифрами: "19 *13/XII*91" - год и дата создания охраны арабскими цифрами. На рисунке, цифры года высотой 5,5 см, цифры числа и месяца высотой 2 см. По сторонам эмблемы зеленые ветви дуба.
Описание левой стороны знамени.
Флаг желтый в центре контур латвийской территории с 14 треугольными стилизованными желтыми щитами (показывающими места дислокации объектов). Сверху и снизу контура территории Латвии полукругом жёлтыми буквами высотой 5 см написан девиз: «Latvija, tu zeme svēta, Tevi sargāt mūsu gods!»

В состав Государственной пограничной охраны входили Главное управление и 9 территориальных управлений: Валмиерское, Вилякское, Лудзенское, Даугавпилсское, Селийское, Елгавское, Лиепайское, Вентспилсское, Рижское и Государственный пограничный колледж в Резекне. После ряда упразднений в составе Госпогранохраны остались 6 управлений: Вентспилсское, Вилякское, Даугавпилсское, Лудзенское, Рижское, Авиационное.

Приказом по Государственной пограничной охране от 28 марта 2002 года №185 на основании заключения Государственной геральдической комиссии от 8 марта 2002 года утверждено знамя Селийского управления с гербом г.Екабпилса на правой стороне.

Приказом по Государственной пограничной охране от 17 ноября 1999 года №433 утверждено знамя Валмиерского управления.

Приказом по Государственной пограничной охране от 27 октября 1999 года №394 утверждено знамя Рижского управления.

Приказом по Государственной пограничной охране от 14 октября 1999 года №373 утверждено знамя Вилякского управления.

Приказом по Государственной пограничной охране от 23 сентября 1999 года №333 утверждено знамя Лудзенского управления.

Приказом по Государственной пограничной охране от 21 октября 1999 года №383. утверждено знамя Лиепайского управления.

Приказом по Государственной пограничной охране от 14 октября 1999 года №375. утверждено знамя Вентспилсского управления.

Приказом по Государственной пограничной охране от 3 ноября 1999 года №411 утверждено знамя Елгавского управления.

Приказом по Государственной пограничной охране от 15 октября 1999 года №376. утверждено знамя Даугавпилсского управления.