В межвоенный период президент использовал красный флаг с изображением на одной стороне "витиса", а на другой "столбов Гедимина". Этот флаг не был законодательно закреплен за президентом.

Флаг президента утверждён законом №I-56, утверждённым парламентом 26 января 1993 года и подтверждён Сеймом 18 февраля . Это пурпурное полотнище с государственным гербом, дополненным щитодержателями - грифоном и единорогом. Эти мифические животные используются в литовской геральдике с 16 века.

Использовано изображение флага президента на официальном сайте Президента Литвы