В первые годы независимости в Молдове действовало доставшееся от советской системы деление на районы. В 1998-2003 годах страна делилась на 9 (затем 10) уездов: Уезд Бэлць, Уезд Кахул, Уезд Кишинеу , Уезд Единец, Уезд Лэпушна , Уезд Орхей , Уезд Сорока, Уезд Тигина, Уезд Унгени, Уезд Тараклия; один муниципалитет Кишинев и две территории: Приднестровье, Гагаузия. Современная Молдова согласно Закону РМ от 27 декабря 2001 года административно разделена на 32 района.
Флаги уездов Молдовы были разработаны в Национальной комиссии по геральдике в 2001 году.
Уезд Бэлць
В 2001 году утверждены исторический герб Бельцкого уезда (в червленом поле серебряная лошадиная голова), а также флаг уезда. Им стало полотнище, разделенное по-вертикали на две части: белую и красную. Соотношение длины и ширины полотнища - 2:1. Цвета взяты с герба уезда.
Уезд Единец
Уезд Кахул
Флаг создан по мотивам герба уезда. Желтый стенчатый пояс символизирует "вал Траяна", проходящий через территорию уезда.
Уезд Кишинев
Уезд Лэпушна
Уезд Орхей
Уезд Сорока
Уезд Тараклия
Уезд Тигина
Зубчатая полоса символизирует "вал Траяна", проходящий по территории уезда.
Уезд Унгены
По материалам сообщения Alex Danes в веб-конференции "Flags of the Worlds" со ссылкой на публикации Сильвиу Табака