Информации о морских флагах русских кораблей до середины XVII века практически нет. Тем любопытнее изображение крестового флага на русской лодье на гравюре "Становище на Восточном Кильдине" в книге Яна Гюйгена ван-Линшотена, сопровождавшего в качестве комиссара голландские экспедиции в Поморье. (1594 г.). (подробнее о карте Ван-Линшотена см. на сайте "Остров Кильдин"). Помимо датских и голландских судов на гравюре изображена поморская лодья с флагом на мачте. На флаге явно виден крест.
По материалам статьи на сайте "Остров Кильдин"
Первое упоминание о государственных цветах и флаге России относится к царствованию Алексея Михайловича (1645-1676), когда в селе Дединове шло строительство первого русского военного корабля "Орёл". Намечаемое плавание в заморские страны потребовало ознакомления с международными морскими обычаями и соблюдения их. Командир корабля капитан О.Бутлер просил царя указать, какой флаг надлежит поднять на корабле, ибо "…на кораблях бывает, которого государства корабль, того государства бывает знамя".
Для царя по этому поводу была подготовлена справка "Писание о зачинании знак и знамен или прапоров", где были изображены флаги ведущих морских держав того времени: Великобритании, Дании, Швеции и Нидерландов. После этого царём 9 апреля 1667 года Сибирскому приказу было "велено прислать из меновых товаров триста десять аршин киндяков да сто пятьдесят аршин тафт червчатых, белых и лазоревых к корабельному делу на знамена и яловички".
На основе этого указа нельзя установить рисунок первого российского флага, но некоторые исследователи (П.И.Белавенец, К.А.Иванов, А.А.Усачёв и др.) считали, что для "Орла" по образу и подобию как флагов Великобритании, Дании и Швеции, так и знамен стрелецких полков был создан крестовый флаг - полотнище с синим прямым крестом, дополненным по углам попеременно белыми и красными прямоугольниками. Такой крестовый флаг можно видеть в "Книге о флагах" Карла Алярда (1700) и гравюре Адриана Шхонебека "Осада Азова в 1696 году" (1700).
А.А.Усачёв считал, что именно этот флаг чисто физически дал жизнь бело-сине-красному флагу: по его предположению, Петр I в 1693 году из сохранившегося большого флага, сшитого для "Орла", вырезал подходящий по размеру "флаг царя Московского" для своей яхты "Святой Петр", на которой ходил по Белому морю. По сведениям А.А.Усачёва, сохранившийся в Морском музее (г.Санкт-Петербург) "флаг царя Московского" имеет размеры 4,6 метра в ширину и только 4,3 метра в длину, что наводит на мысль о вторичном происхождении его: будто бы он сделан из части флага Московии 1667 года, который был слишком велик для яхты "Св.Пётр". Несложным расчетом можно определить длину корабельного флага, из которой мог быть вырезан штандарт для яхты: ширина средней синей полосы равна трети ширины штандарта или примерно 1,5 метрам. Тогда полная длина корабельного флага определится двумя длинами штандарта и шириной вертикальной полосы-крестовины креста. В сумме это составит приблизительно 10 метров, то есть как раз ту длину, которую имели флаги больших линейных кораблей, каким был трёхмачтовый 28-пушечный "Орёл", и изготовленные для которого флаги могли сохраниться в Оружейной палате до петровских времен.
Можно предположить, что эта находка не могла не понравиться Петру I: быть России похожей своим флотом, вплоть до флага, на первую морскую державу - Нидерланды, соответствовало его сокровенным чаяниям. Кроме того, Петру I мог такой флаг понравится и отсутствием на нем креста, напоминавшего стрелецкие знамена.
Уже в 1697 году Петр I учредил новый флаг военных кораблей, в основу которого лёг штандарт яхты "Святой Пётр" 1693 года, - бело-сине-красное полотнище из равновеликих горизонтальных полос.
Именным указом от 20 января 1705 года (ПСЗ №2021) Пётр I даровал бело-сине-красный флаг, бывший до того военным, коммерческим судам, ходящим по Москве-реке, Волге и Северной Двине: "Торговый флаг из трех колороф вышеописанных составлен, то есть белой, синей, красной". Этот флаг подтверждался и Морскими Уставами 1724 и 1886 годов.
До этого был известен только один флаг торговых судов, который в 1693 году Пётр I пожаловал вместе с грамотой голландскому купцу Францу Тиммерману, помогавшему Петру I изучать астрономию. На том флаге был изображен черный двуглавый орёл в центре белого прямоугольного полотнища. Но у нас нет сведений о том, использовал ли кто либо ещё этот флаг, кроме Ф.Тиммермана.
Использованы материалы статьи А.А.Усачёва "Российские морские флаги" и книги К.А.Иванова "Флаги государств мира"
Во флажных таблицах французского ВМФ XIX века приводятся изображения вариантов торгового флага России (Pavillons des Batiments de Commerce) в виде белого, красного или синего полотнищ с национальным триколором в кантоне. Подтверждения этого флага в русских документах нам обнаружить не удалось.
Собственно национального флага в России до середины XIX века не было. В большинстве европейских стран наоборот национальные цвета были определены. В Париже в 1812 году русские войска были встречены бело-сине-красными флагами, которые парижане считали русским флагом. В Берлине же Александра I встретили чёрно-жёлто-белыми флагами. Постепенно это сочетание стало привычным и уважаемым в армии. Бело-сине-красный флаг оставался исторической реликвией, связываемой часто с именем Петра I.
По предложению заведующего Гербовым Отделением Департамента Герольдии Правительствующего Сената Б.В.Кёне, доложенному императору министром двора графом В.Адлербергом, 11 июня 1858 года указом Александра II были утверждены гербовые цвета империи для знамён, флагов и других предметов (драпировок, розеток и т.п.) употребляемых для украшения помещений и зданий в торжественных случаях. На таких флагах для украшения (декоративных флагах) предписывалось изображать три горизонтальные равновеликие полосы – чёрную, жёлтую и белую:
"Описание Высочайше утверждённого рисунка расположения гербовых цветов Империи на знамёнах, флагах и других предметах, употребляемых для украшения при торжественных случаях. Расположение сих цветов горизонтальное, верхняя полоса чёрная, средняя жёлтая (или золотая), а нижняя белая (или серебряная). Первые полосы соответствуют чёрному государственному орлу в жёлтом или золотом поле и кокарда из сих двух цветов была основана Императором Павлом I , между тем как знамёна и другие украшения из сих цветов употреблялись уже во время Императрицы Анны Иоанновны. Нижняя полоса белая или серебряная соответствует кокарде Петра Великого и Императрицы Екатерины II; Император же Александр I, после взятия Парижа в 1814 году, соединил правильную гербовую кокарду с древнею Петра Великого, которая соответствует белому или серебряному всаднику (Св. Георгию) в Московском гербе".
(Полное собрание законов Российской Империи, т.XXXIII, №33289)
К вышесказанному следует добавить, что упоминание белой кокарды Петра I вероятно ошибочно, при Петре не существовали кокарды, позднее, в 1731 году, действительно появилась белая кокарда или бант ("российский полевой знак"). Чёрный бант с жёлтыми полосками по краям установил император Пётр III, Екатерина II вновь ввела белый бант, но Павел I в 1796 году повторно установил чёрно-оранжевую кокарду; при Александре I в 1844 году кокарда стала трёхцветной.
При этом военно-морской флаг оставался без изменений (Андреевский флаг – белое полотнище с косым синим крестом), должностные флаги на флоте и флаг коммерческих судов (бело-сине-красное полотнище) остались без изменений.
28 апреля 1883 года «Повелением о флагах для украшения зданий в торжественных случаях» императора Александра III было предписано, во изменение указа от 11 июня 1858 года, для украшения зданий в торжественных случаях использовать флаги, ленты и драпировки исключительно бело-сине-красных цветов.
Вопрос о том, какие цвета должны быть использованы во время коронации императора Николая II, был рассмотрен специальной комиссией под председательством члена Государственного совета Российской империи адмирала К.Н.Посьета, которая в своём решении 5 апреля 1896 года указала, что белый, синий и красный цвета с исторической и геральдической точек зрения по праву могут считаться русскими национальными цветами. В соответствии с этим 14 мая 1896 года коронация императора Николая II прошла со множеством бело-сине-красных флагов, драпировок и др. Участникам коронации раздавались бело-сине-красные нагрудные ленточки, почётным гостям вручались памятные медали на бело-сине-красных лентах.
Приведена фотография коронационного шествия с сайта "Фотографии старой Москвы"
Любопытный чёрно-жёлто-белый флаг (знамя?) с бело-сине-красным крыжом был изображен в испанском журнале на рисунке, посвященном визиту Николая II во Францию в 1901 году. Судя по информации на "Википедии", хромолитографии с таким рисунком были изданы в Париже в честь визита Николая II и помещались в корзины с покупками в крупных парижских универмагах. Достоверность этого флага (знамени?) вызывает определенные сомнения. В частности, в серии картин художника П.Я.Пясецкого, посвященной этому визиту императора во Францию (см., например, http://www.liveinternet.ru/users/2010239/post103821792/), изображены только жёлтые императорские штандарты, а чёрно-жёлто-белые флаги не фигурируют.
В 1914 году особым циркуляром министерства внутренних (иностранных?) дел был введён "для употребления в частном быту" новый национальный бело-сине-красный флаг с добавленным в верхней части у древка жёлтым квадратом с чёрным двуглавым орлом (композиция, соответствующая дворцовому штандарту императора); орёл изображался как с титульными гербами на крыльях, так и без них; на некоторых рисунках квадрат перекрывает белую и около четверти синей полосы флага, на некоторых - две верхние полосы. Новый флаг не вводился как обязательный, его использование лишь "разрешалось". Символика флага подчёркивала единение царя с народом.
Приводим фотографию марки пропагандистского выпуска с изображением флага 1914 года.
Бело-сине-красный торговый флаг просуществовал до 1918 года и по морским обычаям считался национальным флагом России. За сочетанием чёрного, золотого (жёлтого) и серебряного (белого) цветов сохранился статус гербовых цветов Империи, но их перестали использовать для украшения домов (но они продолжали широко использоваться на кокардах и знаменах в армии, в окраске полицейских и пограничных строений и сооружений, и т.д. Однако, с появлением в русской армии первых аэропланов, на них стала изображаться бело-сине-красная, а не черно-желто-белая кокарда).