21 апреля 1921 года в Дальневосточной Республике (ДВР) была создана Бурят-Монгольская автономная область, частью которой был Агинский аймак. После вхождения ДВР в РСФСР, Бурят-Монгольская автономная область была 30 мая 1923 года объединена с Монголо-Бурятской автономной областью (создана 9 января 1922 года на части территории Иркутской губернии РСФСР) в Автономную Бурят-Монгольскую ССР. После принятия в 1936 году новой Конституции СССР, 26 сентября 1937 года из состава Восточно-Сибирского края была выделена Бурят-Монгольская АССР, а сам край разделен на Иркутскую и Читинскую области. При этом ранее входивший в состав Бурят-Монгольской АССР Агинский аймак был передан в состав Читинской области, как Агинский Бурят-Монгольский национальный округ. С 16 сентября 1956 года округ был переименован в Агинский Бурятский национальный округ. После принятия в 1977 году новой Конституции СССР национальный округ был переименован в автономный и стал называться Агинский Бурятский автономный округ. С принятием в 1993 году Конституции Российской Федерации автономный округ получил статус субъекта РФ. В 2009 году путем объединения Читинской области и Агинского Бурятского Автономного округа создан Забайкальский край. Сначала планировалось, что бывший АБАО станет муниципальным районом Забайкальского края, но в итоге он стал административно-территориальной единицей с особым статусом Агинским Бурятским округом.

10 декабря 1996 года после официальной публикации в газете "Агинская правда" №133 вступил в силу подписанный 29 ноября 1996 года главой Администрации АБАО Б.Аюшиевым принятый 27 ноября постановлением №9 Бурятской окружной Думой - Парламентом Закон Агинского Бурятского автономного округа №1 от 29 ноября 1996 года "О гербе и флаге Агинского Бурятского автономного округа". Официальная церемония поднятия флага округа состоялась в его центре - поселке Агинское 11 декабря 1996 года.

В статье 7 указанного закона был описан флаг округа:

Статья 7. Описание Флага Агинского Бурятского автономного округа1. Флаг Агинского Бурятского автономного округа представляет собой прямоугольное полотнище из трех равновеликих вертикальных полос: левой - синего, средней - желтого и правой - белого цветов. В верхнем левом углу полотнища расположен символ - соембо, верхняя точка которого в середине синей полосы на расстоянии 1\20 ширины флага от верхнего края полотнища (Приложение 2).
2. Соембо - это символическое изображение горящего пламени, как источника жизни человечества, желтого цвета, размером: высота 1\3 ширины флага, диаметр круга 1\6 ширины флага.
3. Отношение ширины флага к его длине 2:3.

Автором флага являлся Батожаргал Шагдаров.

Ксерокопии официальных документов, включая цветные изображения герба и флага, были предоставлены М.В.Ревнивцеву первым заместителям главы Администрации Агинского Бурятского АО Б.Рыгзыновы с письмом от 08.04.1999г. № БР-02-182/03

Принятый в 1996 году флаг Агинского Бурятского автономного округа не соответствовал Федеральному конституционному закону от 25.12.2000 №2-ФКЗ "О Государственном флаге Российской Федерации", в статье 8 которого содержится требование того, что: "…Государственный флаг Российской Федерации не может использоваться в качестве геральдической основы флагов субъектов Российской Федерации…".

В связи с этим Законом АБАО от 06 июля 2001 года №205-ЗАО было изменено описание флага округа в статье 7 закона Бурятского автономного округа от 29 ноября 1996 №1 «О гербе и флаге Агинского Бурятского автономного округа" и теперь описание флага округа гласит:

"Флаг Агинского Бурятского автономного округа представляет собой прямоугольное полотнище из трёх равновеликих вертикальных полос: левой – синего, средней – жёлтого и правой – белого цветов.
В левом верхнем углу полотнища расположен символ соёмбо, верхняя точка которого в середине синей полосы на расстоянии 1/20 ширины флага от верхнего края полотнища. Соёмбо – это символическое изображение горящего пламени, как источника жизни человечества, жёлтого цвета, размером: высота 1/3 ширины флага, диаметр круга – 1/6 ширины флага.
Отношение ширины флага к его длине – 2:3"

Новая редакция закона о флаге и гербе автономного округа вступила в силу после официального опубликования 28 августа 2001 года в газете «Агинская правда» №101-102. Автором нового флага является Бато Галсанович Дампилон, житель села Тантанай Дульдургинского района автономного округа.

Ксерокопию аутентичного текста закона в новой редакции, сведения о внесении изменений, об официальном опубликовании и авторе флага предоставил М.В.Ревнивцеву председатель Правового Комитета Администрации Агинского Бурятского автономного округа Б.Б.Цыбикжапов с письмом от 09.01.2003 №БЦ-11-09/04

Новый флаг автономного округа полностью повторяет флаг Республики Бурятия, но только цветные полосы расположены вертикально и равны по ширине. Изображение флага взято с официального сайта Администрации Агинского Бурятского автономного округа WWW.AGINSKOE.RU, на котором также размещено следующее официальное разъяснение символики флага:

"Синий цвет (на бурятском языке - хухэ) символизирует вечность, свободу, чистоту природы, уважение, доброе отношение, мир и согласие между людьми, поэтому высоким гостям, старейшинам в знак глубокого уважения и почтения, благословения, счастья и долголетия преподносили синий шарф хадак из шелковой ткани.. В глубокой древности, если враждующие монгольские племена обменивались синими хадаками - это означало примирение сторон и воцарение мира в родных степях на долгие годы.
Желтый цвет (на бурятском - шара) был не менее почитаем у монголоязычных народов и в сочетании с синим цветом символизировал единство Неба и Земли и всей Вселенной. Известный бурятский ученый Доржи Банзаров писал, что монголы почитали Небо мужским началом, а Землю - женским. Первое дарует жизнь, а второе придает форму. Так возникло в буддийской философии идея единства и взаимосвязи всей Вселенной, Неба и Земли и всех природных явлений. Желтый цвет - цвет ламаистской религии.
Белый цвет (на бурятском - сагаан) - символ честности, чистоты помыслов, благополучия, богатства, цвет молочной пищи, отсюда единственный у монголоязычных народов праздник называется «Сагаалган» и символизирует начало всего нового и чистого.
В верхнем левом углу синей полосы - соёмбо. Это символ огня, горящего пламени у монголоязычных народов, которые почитают огонь как источник жизни и символ очищения и оказывают ему большое уважение».

Изменения в Закон АБАО о гербе и флаге 1996 года вносились еще несколько раз:
* Законом Агинского Бурятского автономного округа от 22.04.2003 года N 329-ЗАО;
* Законом Агинского Бурятского автономного округа от 20.04.2004 года N 418-ЗАО;
* Законом Агинского Бурятского автономного округа от 01.08.2005 года N 554-ЗАО;
* Законом Агинского Бурятского автономного округа от 26.04.2006 года N 622-ЗАО.

В феврале 2005 года флаг Агинского Бурятского автономного округа внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1762.

Этот флаг и это описание остались без изменения после принятия закона Агинского Бурятского автономного округа от 1 августа 2005 года №554-ЗАО "О внесении изменений в Закон автономного округа "О гербе и флаге Агинского Бурятского автономного округа", которым закон автономного округа от 29 ноября 1996 года №1 (с изменениями и дополнениями) был изложен в новой редакции.

В октябре 2006 года органы государственной власти Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа выступили с инициативой о создании путём объединения Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа нового субъекта Российской Федерации – Забайкальского края, 18 ноября 2006 года это предложение поддержал Президент РФ В.В.Путин и 11 марта 2007 года в Читинской области и Агинском Бурятском автономном округе состоялся референдум, большинство участников которого проголосовали за образование из Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа нового субъекта Российской Федерации – Забайкальского края. В соответствии с Федеральным конституционным законом от 21 июля 2007 года № 5-ФКЗ «Об образовании в составе Российской Федерации нового субъекта Российской Федерации в результате объединения Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа» с 1 марта 2008 года был создан Забайкальский край, в составе которого Агинский Бурятский округ стал административно-территориальной единицей с особым статусом. 28 февраля 2009 года, через 10 дней после официального опубликования в газете «Забайкальский рабочий» от 18 февраля 2009 года №30, вступил в силу закон Забайкальского края от 11 февраля 2009 года №130-ЗЗК «О гербе и флаге Забайкальского края», статьёй 15 которого были признаны утратившими силу все принятые в 1996-2005 годах законы Агинского Бурятского автономного округа о его государственных символах.

Cимволы Агинского Бурятского округа как части Забайкальского края установлены Законом Забайкальского края "О символах Агинского Бурятского округа Забайкальского края" №231-ЗЗК от 23 сентября 2009 года (Опубликован: "Забайкальский рабочий" № 184 (25389) от 7.10.2009). Флаг округа сохранился. Он был торжественно поднят 16 октября 2009 года в поселке Агинское на заседании только что сформированного Собрания представителей Агинского Бурятского округа.

Статья 6.
1. Флаг Агинского Бурятского округа Забайкальского края (далее также - флаг округа) представляет собой прямоугольное полотнище из трех равновеликих вертикальных полос: левой - синего, средней - желтого и правой - белого цветов. В верхнем левом углу полотнища расположен символ - соембо, верхняя точка которого в середине синей полосы на расстоянии 1/20 ширины флага от верхнего края полотнища. Отношение ширины флага округа к его длине 2:3.
2. Соембо - это символическое изображение горящего пламени, как источника жизни народа, желтого цвета, размером: высота 1/3 ширины флага округа, диаметр круга 1/6 ширины флага округа.
3. Флаг округа находится в цветовом единстве с гербом Агинского Бурятского округа, символизируя собой исторические, культурные, социально-экономические, национальные, природные особенности Агинского Бурятского округа:
синий - вечное чистое небо;
желтый - богатство, жизнь;
белый - чистоту, мудрость.

По информации А.Букина (г.Чита)

Современная муниципальная организация округа:
-городской округ "поселок Агинское":

-муниципальные районы:
Агинский (пгт.Агинское), Дульдургинский (с.Дульдурга), Могойтуйский район (пгт.Могойтуй).

В состав муниципальных районов входят городские поселения: Новоорловск, Орловский, Могойтуй;
а также несколько десятков сельских поселений.