Флаг района Нагатино-Садовники повторял его герб. "Зеленый цвет ... символизирует заливные луга, находившиеся в пойме Москвы-реки и зеленые насаждения района. Черная земля означает гать, на которой в начале XIV века возникло село Нагатинское. Яблоня показывает основной вид деятельности жителей слободы Садовники, выращивавших многие фруктовые и плодово-ягодные культуры, в том числе и яблони. Золото говорит о богатстве, приносимом жителями Садовников государевому хозяйству". ".

Материалы архива И.С.Сметанникова (г.Монино)

После образования муниципального образования флаг района стал флагом МО. Официально герб и флаг муниципального образования Нагатино-Садовники утверждены решением муниципального Cобрания от 6 апреля 2004 года №МНС-03-22.

Описание флага
Флаг муниципального образования Нагатино-Садовники представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
В зеленом полотнище помещено прилегающее к нижнему краю полотнища изображение желтой яблони на черном холме. Габаритные размеры изображения составляют 5/12 длины и 9/10 ширины полотнища.

Использованы материалы сайта Правительства Москвы

Решением Совета депутатов муниципального округа Нагатино-Садовники от 20 сентября 2016 года № МНС-01-03-82 "Об утверждении официальных символов муниципального округа Нагатино-Садовники" утверждены герб и флаг муниципального округа и Положения о них. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11110.

2.1. Описание флага муниципального округа:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище зелёного цвета с отношением ширины к длине 2:3, на котором изображены жёлтым и чёрным цветом фигуры герба муниципального округа Нагатино-Садовники».
2.2. Обоснование символики флага муниципального округа.
Зелёный цвет щита символизирует заливные луга, находившиеся в пойме Москвы-реки и зелёные насаждения местности.
Чёрная земля символизирует заболоченную (чёрную) местность, на которой в начале XIV века возникло село Нагатинское.
Яблоня показывает основной вид деятельности жителей Слободы Садовники, выращивавших многие фруктовые и плодово-ягодные культуры, в том числе и яблони, которые приносили большой доход жителям.
Золотой цвет символизирует высшую ценность, величие, богатство.
Зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Чёрный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.

По сообщению В. Пермякова