Первый флаг района Капотня утвержден Распоряжением префекта Юго-Восточного административного округа в городе Москве от 23 апреля 2002 года № 1046 "Об утверждении гербовой эмблемы и флага района Капотня".

По сообщению И. Карташова

Герб и флаг муниципального образования утверждены решением муниципального Cобрания №4/1 18 марта 2004 года. Описание флага:

"Флаг муниципального образования Капотня представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище состоит из трех вертикальных полос: голубой, желтой и голубой. Ширина центральной желтой полосы составляет 3/5 длины полотнища, голубые полосы равновелики.
В центре полотнища помещено изображение черной капли с наложенной на нее желтой яблоней с семью яблоками на ветвях и корнями. Габаритные размеры изображения составляют 2/5 длины и 3/4 ширины полотнища".

Черная капля в золотом поле - символ нефти, которая перерабатывается на одном из крупнейших в России Московском нефтеперабатывающем заводе. Вокруг МНПЗ, благодаря его успешному развитию и выпуску высококачественной продукции, выросла и продолжает развиваться Капотня. Золотая яблоня - символ процветания муниципального образования, яблоки указывают на плоды неустанного труда его жителей. В сочетании с черной каплей яблоня обозначает еще и располагающиеся на территории Капотни крупнейший в Москве специализированный рынок "Садовод" и экологический лицей, готовящий для столицы специалистов-экологов. Голубые столбы символизируют Москву-реку как юго-западную границу Капотни.

Использованы материалы официального сервера правительства Москвы

Флаг и герб муниципального округа Капотня в городе Москве утверждены решением Совета депутатов муниципального округа Капотня № 43/5 от 24 октября 2019 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12765. Описание герба:

"Двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище состоит из трех вертикальных полос: голубой, желтой и голубой. Ширина центральной желтой полосы составляет 3/5 длины полотнища, голубые полосы равновеликие. В центре полотнища помещено изображение черной капли, обремененной желтой яблоней с корнями и семью плодами на ветвях. Габаритные размеры изображения составляют 2/5 длины и 3/4 ширины полотнища".

Материалы геральдического архива В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым