Флаг и герб Царицыно утверждены решением муниципального Cобрания № МЦА-04-33 от 8 июня 2004 года. Описание флага:

"Флаг муниципального образования Царицыно представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
В пурпурном полотнище помещено белое стилизованное изображение верхней части ворот Царицынского парка, над которым помещено белое изображение большой императорской короны.
Габаритные размеры изображения короны составляют 9/40 длины и 3/8 ширины полотнища. Центр изображения равноудален от боковых краев полотнища и находится на расстоянии 1/4 ширины полотнища от его верхнего края.
Габаритные размеры изображения верхней части ворот Царицынского парка составляют 13/24 длины и 7/16 ширины полотнища. Центр изображения равноудален от боковых краев полотнища и находится на расстоянии 1/4 ширины полотнища от его нижнего края".

Большая императорская корона символизирует благожелательное отношение императрицы Екатерины II к этим местам. Екатерина II, восхищенная красотой "дивной местности", приобрела ее в 1776 году. Стилизованное изображение верхней части ворот Царицынского парка символизирует наличие в Царицыно уникального исторического ансамбля дворцов и сооружений, наименование которого отразилось в названии муниципального образования. Пурпурный "царский" цвет щита символизирует историческую принадлежность местности к царским землям.

Использованы материалы официального сервера правительства Москвы

Новые версии герба и флага муниципального округа Царицыно в городе Москве утверждены решением Совета депутатов муниципального округа Царицыно № ЦА-01-05-02/15 от 19.02.2020 года. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище пурпурного цвета с отношением ширины к длине 2:3 на котором воспроизведены фигуры из герба муниципального округа Царицыно, исполненные в белом цвете".

Добавленный элемент - виноград - аллегория резиденции императора («райский сад»).

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12903.

"Обоснование символики флага муниципального округа Царицыно.
Царицыно – историческая территория, которая расположена на юге Москвы. Первое летописное упоминание об этой местности относится к 1589 году. За свою историю главное поселение этого района несколько раз меняло свое название: пустошь Черногрязная - с 1589 года; деревня Черная Грязь - до 1683-1684 годов; село Богородское - после 1684 года; снова село Черная Грязь - 1712 год; Царицыно - с 1775 года, Ленино - с 28 сентября 1918 года по август 1991 года.
Интересна история Царицына и в годы Советской власти. В 1927 году в районном центре Ленино проживало 5 тысяч жителей. В 1939 году Ленино получил официальный статус рабочего поселка, в котором уже проживало 16 тыс. человек. В 1960 году районный центр Ленино Московской области был присоединен к городу Москве.
С 1968 года Ленино входит в Красногвардейский район города Москвы. После административной реформы, проведенной в Москве в 1991 году прежние районы, были упразднены и образованы административные округа, в том числе и Южный административный округ, в границах которого в 1995 году и был создан район Царицыно. В 2003 году в территориальных границах района создан еще и муниципальный округ под тем же названием, что и район.
История Царицыно неразрывно связана с именем великой императрицы Екатерины, которая приобрела эту местность в 1775 году у князя Дмитрия Кантемира и поручила построить в честь очень выгодного для России Кучук-Кайнарджийского мирного договора с Турцией дворцовый комплекс с дворцово-пейзажным парком. Государыня, собиравшаяся устроить здесь свою подмосковную резиденцию, переименовала село Чёрная Грязь в село Царицыно, которое стало центром Царицынской волости.
Возведение усадьбы было поручено зодчему В.И.Баженову. За десять лет, с 1775 по 1785 гг., здесь под его руководством возвели в основном сохранившийся до сих пор дворцовый комплекс Царицыно, в который тогда входили дворцы Екатерины и Павла, Малый дворец, Кухонный корпус, Камер-юнгферский и Кавалерский корпуса, управительский дом и другие здания, а также ворота в сад. Одновременно велись работы по устройству парка, реконструкции прудов, строительству Царицынской и Шипиловской плотин с мельницей, оранжерей.
Однако, посетив в 1785 г. Царицыно, Екатерина II осталась недовольна работой В.И.Баженова, и он был отстранен от работ. Дальнейшее строительство царской резиденции было поручено М.Ф.Казакову. Это строительство к 1796 году практически завершилось, однако со смертью Екатерины II все работы в Царицыне прекращаются. Постепенно дворцовый ансамбль начал приходить в упадок и запустение.
В 2004 году музей-заповедник был передан в ведение города Москвы и в сентябре 2005 года в музее-заповеднике Царицыно, развернулись масштабные работы по восстановлению Большого дворца и реконструкции дворцово-паркового ансамбля.
В 2007 году, на День города Москвы, состоялось официальное открытие реконструированного дворцового комплекса, в том числе восстановленного Большого Царицынского дворца. Восстановленный царицынский дворцово-парковый ансамбль вызвал неподдельный интерес у жителей и гостей столицы. Парк, сразу же ставший популярным местом отдыха и прогулок, по просьбам горожан с ноября 2007 года работает круглосуточно.
В настоящее время территория музея-заповедника «Царицыно» входит в границы муниципального округа Царицыно, на что аллегорически указывает пурпурный цвет поля гербового щита, а также расположенная в его верхней части серебряная большая императорская корона.
Серебряная стрельчатая арка между двумя круглыми мурованными башнями без зубцов помещенная в поле геральдического щита, аллегорически указывает на дворцово-парковый ансамбль располагающийся на территории муниципального округа Царицыно.
Примененные во флаге цвета символизируют:
пурпур – символ достоинства, благочестия, умеренности, щедрости и верховной власти;
серебро – символ чистоты, верности, открытости, надежности, доброты и мира.

Материалы геральдического архива В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым