Cимволы муниципального образования Замоскворечье утверждены Решением муниципального Собрания №24/4 от 25 декабря 2003 года. По другой информации (также от И. Карташова) символы МО Замоскворечье утверждены Решением муниципального Собрания от 29 января 2004 года №2/4.

"Флаг муниципального образования Замоскворечье представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище флага состоит из верхней желтой и нижней зеленой частей, разделенных четырьмя горизонтальными, волнистыми полосами. Ширина верхней голубой полосы составляет 1/10 ширины полотнища, ширина каждой следующей желтой, голубой и желтой полосы составляет 1/32 ширины полотнища. Габаритная высота изображения всех четырех полос составляет 37/160 ширины полотнища, при этом осевая линия изображения находится на расстоянии 5/16 ширины полотнища от его верхнего края. В нижней зеленой части помещено изображение перекрещенных золотых бердыша, обращенного в верхний угол, прилегающий к древку, и жезла Меркурия. Габаритные размеры изображения составляют 7/12 длины и 5/8 ширины полотнища. Изображение равноудалено от боковых краев полотнища и на 1/8 ширины полотнища смещено к его нижнему краю".

Флаг муниципального образования повторяет его герб. Символика герба:

"Голубые волнистые пояса в золотой главе символизируют две водные артерии, протекающие по территории местности, Москву-реку и Водоотводный канал. Бердыш и жезл Меркурия символизируют славу территории муниципального образования в военное и мирное время. Бердыш являлся одним из основных видов вооружения стрелецких полков, располагавшихся в Замоскворечье с середины XVI века. Сегодня на территории Замоскворечья расположены подразделения Вооруженных Сил России. Жезл Меркурия символизирует расцвет купечества и торговли на территории муниципального образования, известной в XVIII-XIX веках как "купеческое Замоскворечье".

Информация предоставлена И.М.Карташовым (г.Москва)

Решением Совета депутатов муниципального округа Замоскворечье в г. Москве от 4 сентября 2018 года № 11/2 существующий флаг муниципального образования Замоскворечье переутвержден для муниципального округа Замоскворечье. Флаг МО Замоскворечье внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12092.

2.1. Описание флага муниципального округа Замоскворечье в городе Москве:
Флаг муниципального образования Замоскворечье представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище флага состоит из верхней желтой и нижней зеленой частей, разделенных четырьмя горизонтальными, волнистыми полосами.
Ширина верхней голубой полосы составляет 1/10 ширины полотнища, ширина каждой следующей желтой, голубой и желтой полосы составляет 1/32 ширины полотнища.
Габаритная высота изображения всех четырех полос составляет 37/160 ширины полотнища, при этом осевая линия изображения находится на расстоянии 5/16 ширины полотнища от его верхнего края.
В нижней зеленой части помещено изображение перекрещенных золотых бердыша, обращенного в верхний угол, прилегающий к древку, и жезла Меркурия. Габаритные размеры изображения составляют 7/12 длины и 5/8 ширины полотнища. Изображение равноудалено от боковых краев полотнища и на 1/8 ширины полотнища смещено к его нижнему краю.
2.2. Обоснование символики флага муниципального округа Замоскворечье в городе Москве.
Голубые волнистые пояса в золотой главе символизируют две водные артерии, протекающие по территории местности, Москву-реку и Водоотводный канал.
Бердыш и жезл Меркурия символизируют славу территории муниципального образования в военное и мирное время.
Бердыш является одним из основных видов вооружения стрелецких полков, располагавшихся в Замоскворечье с середины XVI века. Сегодня на территории Замоскворечья расположены подразделения Вооруженных Сил России.
Жезл Меркурия символизирует расцвет купечества и торговли на территории муниципального образования, известной в XVIII-XIX веках как «купеческое Замоскворечье».

По информации В. Пермякова