Герб и флаг муниципального образования Щукино утверждены решением муниципального Cобрания от 2 июня 2005 года № 9/2.

"Описание флага
Флаг муниципального образования Щукино представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище флага состоит из двух горизонтальных полос, верхней, голубой, шириной 5/24 ширины полотнища, и желтой.
В центре голубой полосы помещено изображение белой щуки. Габаритные размеры изображения составляют 1/2 длины и 1/5 ширины полотнища.
В центре желтой полосы помещено изображение знака атома черного круга, в окружении двух вытянутых черных колец. Габаритные размеры изображения составляют 1/2 длины и 7/16 ширины полотнища".

Флаг повторяет композицию герба МО, поэтому приведем здесь обоснование символики герба:

Знак атома символизирует находящийся на территории муниципального образования Курчатовский институт и комплекс других крупных научно-исследовательских институтов. Щука в голубой главе щита символизирует древнее (XV-XVII вв.) село, а затем деревню Щукино. Деревня находилась на берегу Москвы-реки, в 1701 г. при ней числился пруд, богатый рыбой, и мельница на реке Химке. Древнее название деревни воплотилось в современном названии территории, а изображение щуки вошло в герб как гласный символ муниципального образования.

Использованы материалы сайта Правительства Москвы

Те же самые герб и флаг переутверждены уже для муниципального округа Щукино решением Совета депутатов муниципального округа Щукино в городе Москве № 20-04 от 15.12.2022 г. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 14350. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: синей составляющей 1/3 ширины полотнища и под ней желтой. В центре полос помещены фигуры из герба муниципального округа с заменой серебра белым и серым цветом".

Материалы геральдического архива В. Маркова