По Симодскому договору 1855 года остров Сахалин был признан совместным владением России и Японии, остров Итуруп отошёл к Японии, а остров Кунашир и все Курильские острова севернее него были признаны владением России. По Петербургскому договору 1875 года Россия уступила Японии все Курильские острова в обмен на официальный отказ Японии от её притязаний на остров Сахалин. В 1905 году по Портсмутскому мирному договору, завершившему русско-японскую войну 1904-1905 годов, южная часть о-ва Сахалин расположенная к югу от 50-ой параллели северной широты, была передана Японии и с 1907 года составила губернаторство Курафуто, делившееся на четыре муниципалитета: Тоёхара (Южно-Сахалинск), Маока (Холмск), Сисука (Поронайск), Эсутору (Углегорск).

В 1909 году из Приморской области были выделены Сахалинская область (центр - Александровский пост) и Камчатская область. Герб Сахалинской области не был учрежден.

С апреля 1920 года по май 1925 года Сахалинская область была оккупирована японскими войсками, а после их вывода составила Сахалинский округ образованного в январе 1926 года Дальне-Восточного края (ДВК) РСФСР. 20 октября 1932 года Сахалинский округ был преобразован в Сахалинскую область Дальне-Восточного края (центр - г.Александровск-Сахалинский). После раздела 20 октября 1938 года Дальне-Восточного края на Дальне-Восточный край и Хабаровский край Сахалинская область была включена в состав последнего.

В ходе Южно-Сахалинской и Курильской наступательных операций в августе-сентябре 1945 года Карафуто (Южный Сахалин) и Тисимо (Курильские острова) были заняты советскими войсками. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 января 1947 года Южный Сахалин и Курильские острова были включены в состав Сахалинской области РСФСР, которая была выведена из состава Хабаровского края и стала отдельной областью РСФСР. Центр Сахалинской области был перенесен из г.Александровска-Сахалинского в г.Южно-Курильск (до 1946 г. - Тоёхара).

Справка подготовлена М.В.Ревнивцевым

После муниципальной реформы в составе Сахалинской области образованы следующие муниципальные образования:
- городские округа;
"город Южно-Сахалинск", "Александровск-Сахалинский район" [sic!], Анивский, "Поселок Вахрушев" [в 2012 г. объединен с Поронайским городским округом], Долинский, Корсаковский, Курильский, Макаровский, Невельский, Ногликский, Охинский, Поронайский, Северо-Курильский, Смирныховский, Томаринский, Тымовский, Холмский, Южно-Курильский;
- муниципальные районы: Углегорский,
- городские поселения: "город Углегорск", "город Шахтерск".

24 июня 1996 года губернатор внёс в областную Думу проекты Законов о гербе и флаге области. Законы были приняты Думой (в первом чтении 14 марта и окончательно во втором чтении 16 апреля 1997 года), 25 апреля тексты Законов были подписаны губернатором (Закон № 34 от 25 апреля 1997 года "О флаге Сахалинской области") И.Фархутдиновым, 26 апреля опубликованы в № 29 (386) "Губернских ведомостей", а 27 апреля 1997 года вступили в силу.

Флаг Сахалинской области представляет собой прямоугольное полотнище цвета морской волны (синий с изумрудно-зеленоватым оттенком); в центральной части полотнища - контурные изображения Сахалина и Курильских островов белого цвета, образующих единую Сахалинскую область. Изображения острова Сахалина и островов Курильского архипелага располагаются в центре полотнища, образуя угол в 45 градусов. Верхние и нижние контуры островов находятся на одной линии, на расстоянии одной восьмой части от верхнего и нижнего края ширины флага. Отношение ширины флага к его длине 2:3.

Автор флага - Виталий Евгеньевич Гомелевский, вице-губернатор.

(источник информации: письмо №419 от 15.10.1998 В.Ломанцову из Постоянной комиссии по образованию, науке, культуре и делам молодежи при Сахалинской областной Думе).

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №158.

Поправки в закон о флаге 1997 года вносились:
Законом Сахалинской области от 23 сентября 2005 года N 63-ЗО "О внесении изменений в статью 3 Закона Сахалинской области "О флаге Сахалинской области - субъекта Российской Федерации";
Законом Сахалинской области от 24 мая 2007 года N 47-ЗО "О внесении изменений в Закон Сахалинской области "О флаге Сахалинской области - субъекта Российской Федерации";
Законом Сахалинской области от 30 декабря 2009 года N 136-ЗО "О внесении изменения в статью 3 Закона Сахалинской области "О флаге Сахалинской области - субъекта Российской Федерации".

9 июня 2011 года Сахалинской областной Думой принят новый Закон Сахалинской области "О флаге Сахалинской области". Некоторые поправки в него вносились Законами Сахалинской области от 23.11.2011 № 118-ЗО, от 24.12.2014 № 94-ЗО. Описание флага не изменилось.

Флаг Сахалинской области представляет собой прямоугольное полотнище цвета морской волны (синий с изумрудно-зеленоватым оттенком); в центральной части полотнища - контурные изображения Сахалина и Курильских островов белого цвета, образующих единую Сахалинскую область. Изображения острова Сахалина и островов Курильского архипелага располагаются в центре полотнища, образуя угол в 45 градусов. Верхние и нижние контуры островов находятся на одной линии, на расстоянии одной восьмой части от верхнего и нижнего края ширины флага. Отношение ширины флага к его длине - 2:3.

Указом Губернатора Сахалинской области от 29 мая 2019 года № 24 учрежден Почетный штандарт губернатора Сахалинской области.

ОПИСАНИЕ ПОЧЕТНОГО ШТАНДАРТА ГУБЕРНАТОРА САХАЛИНСКОЙ ОБЛАСТИ
Почетный штандарт Губернатора Сахалинской области (далее - Почетный штандарт) представляет собой коническое полотнище из ткани белого цвета, шириной 68 см, высотой (без бахромы) 75 см с фигурным нижним краем в виде равностороннего треугольника.
На лицевой стороне Почетного штандарта расположено цветное изображение герба Сахалинской области размером 38 x 40 см, над гербом шитьем золотистого цвета в три строки выполнена надпись строчными буквами "ПОЧЕТНЫЙ ШТАНДАРТ ГУБЕРНАТОРА САХАЛИНСКОЙ ОБЛАСТИ" (высота букв 60 мм).
На оборотной стороне по центру шитьем золотистого цвета вышит порядковый номер Почетного штандарта.
Своей верхней частью Почетный штандарт фиксируется на штанге золотистого цвета, к ней крепится крученый шнур длиной 100 см с кистями на концах. Тесьма, бахрома, крученый шнур, кисти изготавливаются из шелка золотистого цвета. Почетный штандарт украшен внизу бахромой.
Напольная подставка деревянная, лакированная, темно-коричневого цвета. Высота подставки 200 см. Подставка состоит из трех сегментов - основания, древка и навершия. Основание двухуровневое, круглой формы. Нижний уровень основания диаметром 33,5 см. В центре основания крепится древко круглого сечения. К верхней части древка прикрепляется навершие каплевидной формы.

Информация С. В. Филатова