Муниципальное образование упразднено в 2017 году в связи с преобразованием бывшего Зарайского муниципального района в городской округ Зарайск.

Флаг Машоновского сельского поселения утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Машоновское от 24 июня 2009 года №21/3 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5024. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное вилообразно на три части: голубую вверху, красную у древка и зеленую у свободного края; и воспроизводящее в середине фигуры из герба поселения выполненные желтыми, оранжевыми, белыми и серыми цветами".

Обоснование символики флага сельского поселения Машоновское.
На флаге Машоновского сельского поселения отражен факт образования поселения из трех бывших сельских округов (Машоновского, Протекинского и Черневского) аллегорично представленных в гербе тремя финифтями (красной, лазоревой и зеленой).
Основным занятием жителей поселения является сельское хозяйство - выращивание зерновых культур и овощей. Жители поселения славятся своим гостеприимством. Эти обстоятельства отражены на флаге поселения пышным караваем (хлеб-солью), который по русскому обычаю вручается вместе с полотенцем гостям.
Голубой цвет (лазурь) - символ рек и речушек, протекающих по территории поселения (река Осетр, речки Незнанка, Луневка, Замутица и многие другие). Лазурь - символ чести, благородства, духовности и возвышенных устремлений.
Красный цвет - символ мужества многих жителей поселения принимавших участие и в Великой Отечественной Войне и в других локальных войнах (Афганистан, Чечня), свидетелями чему являются многочисленные памятники, стелы, захоронения, расположенные на территории поселения. Красный цвет - символ жизнеутверждающей силы и красоты, праздника, труда.
Зеленый цвет символизирует сельскохозяйственное направление деятельности жителей поселения, а также весну, здоровье, природу, надежду.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Сергей Янов (Малаховка);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта Союза геральдистов России

Решением Совета депутатов с.п. Машоновское №25/6 от 8 октября 2010 г в Положение о флаге с.п. Машоновское (утв. 24.6.2009 г) внесены изменения. В частности в обоснование символики флага добавлен абзац:

"Основным занятием жителей поселения является сельское хозяйство – выращивание зерновых культур и овощей. Жители поселения славятся своим гостеприимством. Эти обстоятельства отражены в гербе поселения пышным караваем (хлебом-солью), который по русскому обычаю вручается вместе с полотенцем гостям".