Флаг города Агидель утвержден решением Совета городского округа город Агидель Республики Башкортостан от 13 июля 2006 года № 122. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2947, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под № 065. Автор флага - Салават Гилязетдинов. Описание флага:

Прямоугольное полотнище голубого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого шар красного цвета, окруженный тремя цикломорами белого цвета (один в пояс, два наискось) и разомкнутым вверху и внизу венком из двух оливковых ветвей желтого цвета.

Обоснование символики герба и флага города:

Герб отражает историческую и экономическую особенности города, а также его географическую привязанность.
Город Агидель расположен на правом берегу нижнего течения реки Белой (Агидель). Основанный как город-спутник Башкирской АЭС, город Агидель неразрывно связан с атомной энергетикой. На атомной энергетике в перспективе будет базироваться и экономика города, поэтому центральной фигурой герба выбран знак атома.
Окружение атома разомкнутым оливковым венком указывает на мирный характер атома.
Также золотой оливковый венок символизирует в гербе процветание, славу и богатство города.
Лазоревый цвет поля герба – это символ совершенства, миролюбия и щедрости, а также движения вперед, надежды и мечты.
Серебряный цвет в гербе – символ веры, духовности, благородства, чистоты и искренности.
Красный цвет знака атома символизирует тепло, а также любовь к родному городу, мужество, смелость и великодушие его жителей.
Расположение города в бассейне больших рек изображено серебряными волнистыми линиями.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан