Флаг Акчернского утвержден Решением Совета депутатов Акчернского с.п. от 11 ноября 2008 года № 42/175, внесен в Государственный геральдический регистр под №4638. Автор флага - В.Коваль. Согласно тексту Положения о гербе и флаге:

"2.2. Описание Флага поселения.
Флаг поселения представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Акчернского сельского поселения в синем, красном, желтом и белом цветах.
3. Символика Герба и Флага поселения.
Символика герба и флага отражает природно-географические и экономические особенности Акчернского сельского поселения. Населенные пункты Акчернского сельского поселения располагаются по обеим сторонам речки Акчерня, название которой означает «несущая свет».
Солнце – это символ света, правды, премудрости, провидения и плодородия, чем всегда славилась Акчернская земля.
Серебряная полоса, отделяющая главу от поля, означает речку, по обеим сторонам которой располагаются населенные пункты Акчернского сельского поселения.
Лазурь (синий цвет) - символ красоты, мягкости и величия.
Червлень (красный) - символ храбрости, мужества, неустрашимости.
Золотой (желтый) цвет символизирует высшую ценность, прочность, силу, богатство, процветание, справедливость и великодушие.
Золотая земельная корона о трех зубцах обозначает статус сельского поселения".

Источник - "Нормативные акты РФ" - сайт Министерства юстиции РФ