Алапаевский район образован в 1923 году из части земель бывшего Алапаевского уезда. В 1930 году к Алапаевскому присоединена территория Костинского района (бывш.Невьянского), а в 1934 году - территория Махневского района (до 1935 г). Район ликвидирован в 1945 году, но вновь восстановлен в 1962 году. В 1963 году создан Алапаевский сельский район путем объединения Махнёвского, Коптеловского, Алапаевского, Режевского районов и города Реж. С 1965 года - вновь Алапаевский район. Территориальные преобразования продолжались на протяжении 60-х и 70-х годов. В 1995 году создано муниципальное образование Алапаевский район, в состав которого входили поселки Верхняя Синячиха, Махнево и 31 сельсовет.
Флаг Алапаевского района разработан специалистами Уральской геральдической ассоциации. Флаг утверждён Решением Алапаевской районной Думы №238 от 11 октября 2002 года. Описание флага:
"Полотнище с соотношением сторон 2:3, составленное двумя горизонтальными полосами: зеленой, занимающей 4/5 от высоты полотнища, и красной, занимающей 1/5 от высоты полотнища. На зеленой полосе помещены фигуры городского герба (расщепленный снизу натрое сноп, продетый через горизонтально положенное веретено), выполненные белым, желтым и красным цветами и имеющие высоту в 1/2 от ширины полотнища. Центр указанной композиции находится на расстоянии в 1/4 длины полотнища от древка, а ее верхний край - на расстоянии 1/8 ширины полотнища от его верхнего края Обратная сторона аналогична лицевой".
Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №1095.
Материалы информационного листа УрГА, 2003
Муниципальное образование Алапаевское в 2009 году было преобразовано с выделением из его территории двух новых муниципалитетов: МО Алапаевского и Махнёвского МО.
Работа над современными гербом и флагом была начата в мае 2009 года. Фактически были оставлены прежние герб и флаг Алапаевского МО с минимально возможными изменениями: расщепленный в нижней части натрое сноп был заменен на аналогичный сноп, но расщепленный надвое - знак образования муниципального образования Алапаевское из двух территорий. Флаг "нового" Алапаевского МО принят Решением Алапаевской Думы № 245 от 31 августа 2009 года:
"Геральдическое описание Флага: "Полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, составленное двумя горизонтальными полосами: зеленой, занимающей 4/5 от высоты полотнища, и красной, занимающей 1/5 от высоты полотнища. На зеленой полосе, по центру, помещены фигуры герба (расщепленный снизу на двое сноп, продетый через горизонтально положенное веретено), выполненные белым, желтым и красными цветами. Оборотная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую сторону".
Обоснование символики Флага: "Соединение двух снопов в один - знак образования муниципального образования Алапаевское из двух территорий. Сочетание его с веретеном - указание его на плодородие земли, неустанными трудами достигаемое. Зеленый цвет поля указывает на изобилие природы, а красная оконечность говорит об исторических событиях прошлого".
Материалы предоставлены Р.Ахмадулиным со ссылкой на А.Грефенштейна. Текст документа из архива В. Маркова
По информации В. Маркова флаг, утвержденный 31.08.2009 года имеет геральдическую композицию в середине зеленой части полотнища.
В декабре 2009 года флаг Алапаевского МО внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5563.