29 мая 2009 года Решением Собрания депутатов города Алатыря №40/32-4 "Об утверждении исторического герба и флага г. Алатырь Чувашской Республики" были утверждены "исторический герб и флаг г. Алатырь Чувашской Республики", Положение о гербе г. Алатырь Чувашской Республики и Положение о флаге г. Алатырь Чувашской Республики. Cогласно тексту Положения о флаге:

"3. Описание и обоснование символики Флага
3.1. Описание Флага:
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба города Алатыря в красном и желтом цветах".

Вопреки названию главы, обоснование символики флага не приводится.

Флаг Алатыря внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №5007.