Флаг Алексеевского района утвержден Постановлением Собрания Представителей района от 25 декабря 2003 года №26 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №1412. Описание флага:

"Флаг Алексеевского района представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое нисходяще по диагонали от верха свободного края к древку на жёлтую и красную части, воспроизводящее в центре на пересечении полос фигуру из гербовой композиции: в чёрно-жёлто-красных тонах".

Обоснование символики флага Алексеевского района.
Флаг Алексеевского района по своему содержанию един и гармоничен. Все фигуры флага, воедино составляющие солнце, символизируют стабильное настоящее района и надежду на солнечное благополучие, благоприятные природные и климатические условия Алексеевского района для жизни населения, а также ведущие отрасли народного хозяйства. Мотив флага - "Солнечная Алексеевка".
Главной фигурой флага является чёрный диск, аллегорически показывает землю как символ плодородия, пахоты, сева, жатвы - хранительницу жизни и богатств. Диск окаймлён золотым кольцом и охвачен с одной стороны - червлёным пламенем, с другой - цветком подсолнуха в знак того, что жители района, объединённые в единое целое (кольцо), трудятся в различных отраслях народного хозяйства:
- на территории района добывается нефть, - это направление промышленности в верхней части круга в виде чёрных струй и красного пламени;
- сельскохозяйственные предприятия, специализирующиеся на зерновом производстве показаны во флаге цветком подсолнуха с чёрными зёрнами. Подсолнух - это цветок, "влюблённый в солнце", всегда следующий за солнцем.
Символика чёрного цвета во флаге многогранна:
Чёрные струи показывают землю как хранительницу богатств;
Чёрный цвет, аллегорически показывая землю, как бы напоминает о первоначальном назывании современного районного центра - "Землянки" - в знак исторической преемственности.
Чёрный цвет символизирует благоразумие, мудрость, свободу, покой и мир.
Жёлтый цвет (золото) - символ солнца, урожая высшей ценности, богатства, величия, прочности, силы, великодушия.
Красная часть флага аллегорически показывает трудолюбие, жизнестойкость жителей района, несмотря на трудности.
Красный цвет символизирует труд, жизнеутверждающую силу, мужество, праздник, красоту.
Таким образом, собирательный образ солнца во флаге Алексеевского района - очень многогранный символ: являясь источником тепла, мира и согласия, солнце изливает на землю поток жизнетворческих сил, а на людей - свою благодать. Люди солнца -мудрые, верные, надежные друзья.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Алексей Сорокин (Москва);
обоснование символики: Галина Туник (Москва);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва)".

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России