В 1685 году была основана казачья слобода Алексеевка, позднее входившая в Бирюченское комиссарство, которое принадлежало к Острогожскому полку до 1765 года, когда была создана Острогожская провинция, а с учреждением Воронежского наместничества (1779) - в его Бирючский уезд. 19 марта 1918 года Алексеевка получила статус города Воронежской губернии, включенной в 1928 году в Центрально-Черноземную область. При выходе 13 июня 1934 года Воронежской области из состава Центрально-Черноземной области Алексеевский район был включен в состав Воронежской области. В 1939 году город был преобразован в рабочий поселок. 6 января 1954 года Алексеевский район Воронежской области был включен в состав новообразованной Белгородской области и 19 августа 1954 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР рабочий поселок Алексеевка преобразован в город.
В 2006 создан муниципальный район "Алексеевский район и город Алексеевка", в составе которого городское поселение Алексеевка и 20 сельских поселений.
Флаг Алексеевского района и города Алексеевка утверждён Решением Муниципального совета МР "Алексеевский район и город Алексеевка" от 28 апреля 2015 года № 5 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10256.
"Описание флага:
"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее желтый подсолнух".
Обоснование символики флага Алексеевского района.
Флаг Алексеевского района разработан на основе герба Алексеевского района.
Город Алексеевка, центр Алексеевского района, основан в 1685 году как слобода Алексеевка (Алексеевская), названая по имени первого владельца - князя Алексея Черкасского.
В Алексеевке были обширные посевы подсолнечника. В 1829 году крепостной крестьянин графа Шереметева Даниил Семенович Бокарёв первым в мире открыл способ получения масла из семян подсолнечника. Вскоре в Алексеевке был построена маслобойня (маслодельный завод). Отсюда маслобойни распространились по всей Воронежской губернии (в состав которой Алексеевка входила с XVIII по XX века.).
Традиции производства подсолнечного масла и растительных жиров достойно продолжаются и в современной трудовой жизни Алексеевского района.
Обо всем этом символизирует подсолнух во флаге Алексеевского района.
Зелёный цвет символизирует весну и природу, здоровье, молодость и надежду.
Желтый (золото) цвет - символ высшей ценности, величия, солнечного света, богатства, урожая.
Авторская группа:
Идея флага: Виктор Ковалев, (Алексеевка), Виктор Легеза, Валентин Пальваль-Кривцов, Иван Пархоменко (все - Белгород), Константин Моченов (Химки).
Художник: Виктор Ковалев (Алексеевка).
Компьютерный дизайн: Юлия Терещенко (Москва).
Использованы материалы сайта Союза геральдистов России. Текст нормативного документа предоставлен В. Пермяковым.
В апреле 2018 года муниципальный район «Алексеевский район и город Алексеевка» преобразован в муниципальное образование "Алексеевский городской округ". Алексеевский район как административно-территориальная единица сохранился.