До 2021 года существовало муниципальное образование "Альменевский район" (муниципальный район), в 2021 году оно преобразовано в Альменевский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Альменевский район сохранен.

Флаг Альменевского района разработан учителем Любовью Неустроевой и художником Валерием Князевым. Флаг утвержден Решением Альменевской районной Думы от 23 августа 2009 года № 44 "О гербе и флаге Альменевского района". Согласно тексту Положения о флаге муниципального образования Альменевский район Курганской области:

"2. Геральдическое описание и обоснование символики ФЛАГА
2.1. Описание ФЛАГА: Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Альменевского района в зелёном, белом и жёлтом цветах. В зелёном поле вверху-серебряный скачущий конь, внизу – золотой сноп.
2.2. Обоснование символики ФЛАГА:
Конь – символ воли, честности, символ богатства у степных племен на востоке. Сноп из 12 колосьев- единство, символ 12 родов, положивших начало истории Альменевского района, 12 поселений (сельсоветов), входящих в состав района, а также символ земледелия, которое является основой богатства края. Зелёное поле-символ изобилия, исторической специфики края, преемственности с флагом Курганской области.

По материалам официального сайта Альменевского района

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №3529.