В 1999 году депутаты городского совета Анапы утвердили герб и флаг города. Флаг - белое полотнище с синими "волнами" в нижней части. Вверху у древка - герб города.

Герб предствляет собой щит лазуревого цвета. В нижней его части древняя триера. В середине каменная стена. Вверху золотое солнце с 25 лучами.

Триера символизирует древних основателей города. Стена - стабильность. 25 солнечных лучей - 25 веков развития города: поселение синдов здесь было основано в IV веке до нашей эры.

В тексте использованы материалы альманаха "Невское время" № 96(1978)
рисунок скопирован из сайта Ильи Морозова

Новый флаг Анапы утверждён 8 апреля 2005 года решением Совета города-курорта Анапа №53 и внесён в Государственный геральдический регистр под №1877. Описание флага:

"Флаг города-курорта Анапы представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба города-курорта: вдоль нижнего края жёлтая полоса (габаритный размер которой составляет 1/4 полотнища), разделённая тонкими чёрными линиями в виде кирпичной кладки; верхний край полосы вырезан в виде стенных зубцов, нижний – в виде бегущих волн. Посередине основной части полотнища (над полосой) – жёлтое солнце".

Обоснование символики флага города-курорта Анапа.
Флаг города-курорта Анапы разработан на основе герба, который отражает исторические, географические и экономические особенности города.
Символика всех фигур на флаге многозначна:
Изображение жёлтой стены с одной стороны подчёркивает стратегическую важность Анапской крепости на Черноморском побережье, а с другой символизирует богатую историю города, возникшего как Синдская гавань в IV столетии до нашей эры.
Двадцать пять лучей солнца говорят о двадцати пяти вековой истории города.
Солнце - символ света и тепла указывает на город как на самое солнечное место Черноморского побережья Кавказа.
Изображение волн указывает в гербе не только на прибрежное положение города, но и на важность его для международной морской торговли в течение многих столетий.
Жёлтый цвет (золото) в геральдике символизирует богатство, стабильность, интеллект, уважение.
Голубой цвет - символ чести, славы, преданности, добродетели, чистого неба и водных просторов.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки),
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково),
компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва)".

Материалы сайта горсовета Анапы и сайта Союза геральдистов России