Центр поселения - п. Апраксино.

Флаг Апраксинского СП утвержден решением Совета депутатов Апраксинского сельского поселения от 30 июля 2018 года № 21. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 12004.

2.1. Описание флага Апраксинского сельского поселения:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба Апраксинского сельского поселения, выполненные в зеленом, белом, синем и желтом цвете".
2.2. Рисунок флага Апраксинского сельского поселения приводится в приложении 1, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Апраксинского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба Апраксинского сельского поселения, и повторяет его символику которая многозначна и отражает, природные, культурные, профессиональные и исторические особенности поселения.
В состав Апраксинского сельского поселения входит 21 населенный пункт: поселок Апраксино; деревни Бедрино, Борок, Брыкотино, Бочкино, Гуздырево, Деревнищи, Дворищи, Денисово, Ильинское, Карцево, Кастилово, Китариха, Которово, Легково, Никитино, Скоморохово, Солониково, Терехово, Холм и Царево. Многие из них имеют богатую историю. Современное поселение расположено на территории бывшего древнего Мерского стана.
Центр Апраксинского сельского поселения - поселок Апраксино свое название он получил от женского имени Евпраксия. Фамилия Апраксины появилась здесь в конце ХVI века. По всей видимости, жители дали такое название селу из чувства глубокого уважения к женщине, которая была среди них и отличалась добротой и радушием, что показано символикой «хлеб-соль».
Хлеб с солью на рушнике - символ радушия и гостеприимства местных жителей, их заботу о своей малой родине. Здесь свято чтут древние традиции гостеприимства и добрососедства: земли Апраксинского сельского поселения жители Костромы давно облюбовали для организации 26 садово-огороднических товариществ, где выращивают на грядках тонны овощей и фруктов для своего стола.
Окрестности Апраксинского сельского поселения известны тем, что здесь находится самая высокая точка Костромского района, показанная зеленой горой (холмом). Здесь же имеется много холодных родников. Чистая вода дополняет символику гостеприимства, что показано образными концами рушника, как бы превращающимися в потоки воды, ниспадающими вниз.
Апраксинское сельское поселение входит в состав Костромского муниципального района, расположенного на берегах реки Волга, что в гербах поселений района показано оконечностью с бегущими волнами.
Символика цветов герба:
- желтый цвет (золото) - символ солнечного света, знаний, успеха, достижений, богатства;
- белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
- красный цвет (червлень) - символ труда, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника;
- зелёный цвет - символ природы, весны, здоровья, жизненного роста
- синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения;
2.4. Авторская группа:
- идея флага: Николай Константинов (п.Апраксино),Алексей Позин (Кострома), Константин Моченов (Химки);
- художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
- обоснование символики: Алексей Позин (Кострома), Константин Моченов (Химки).

По информации В. Пермякова