Флаг Атаманского сельского поселения утвержден решением Совета муниципального образования Атаманского сельского поселения Павловского района №23/101 от 21 апреля 2008 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4073. Описание флага:

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к дине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос: малиновой (у древка) и синей (голубой) и несущее посередине (на границе полос) изображение креста на скрещенных булаве и шашках в жёлтом и белом цветах.
Обоснование символики:
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Лазоревый (синий, голубой) цвет символизирует чистое небо, честь, искренность, добродетель, возвышенные устремления.
Пурпурный цвет (малиновый) является определяющим цветом запорожских казаков и указывает на то, что многие жители станицы являются потомками запорожских (черноморских) казаков.
Пурпур является символом цветущей земли, верности, скромности, набожности.
Золото (жёлтый цвет) символизирует основной вид экономической деятельности - выращивание зерновых, достаток, процветание. Крест с расширенными концами (лапчатый) является символом Запорожских (черноморских) казаков, потомки которых в настоящий момент проживают в поселении, а также символизирует верность, мужество.
Золотая атаманская булава является гласным элементом герба и аллегорически указывает на то, что жители поселения и окрестностей составляли Атаманский полк, от которого станица и получила в 1914 году своё наименование.
Казачьи шашки без ножен символизируют мужество, отвагу и готовность встать на защиту родной земли в любой момент.
Автор герба, изображение и обоснование символики: Владимир Нагаевский (Тихорецк).

По материалам сайта "ГЕРАЛЬДИКА.РУ"