Флаг Атнашевского СП утверждён Решением Собрания депутатов Атнашевского СП от 7 ноября 2014 года № 40/2. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10123. Согласно тексту Положения о флаге:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Атнашевского сельского поселения Канашского района в красном и желтом цветах.
3.2. Автор флага: Вадим Шипунов ( Мариинский Посад)

Из обоснования символики герба (и соответственно, флага):

"...Два цветка подснежника – желтый и красный, обозначают две деревни: Атнашево и Калиновку. Деревня Атнашево, в свою очередь, также образовалась путем слияния двух деревень: Нюргечи и Атнашево. Подснежник – самый первый, смелый и очень нежный цветок, один из вестников пробуждающейся природы, символизирует надежду, молодость и свежесть. Каждую весну он радует нас жизнеутверждающим цветением, покоряя своим бесстрашием и открывая перед нами возможность познать прекрасное, ощутить полноту жизни. Это символ того, что самое хрупкое и нежное создание может быть удивительно сильным и стойким на пути к своей заветной цели. Цветы подснежника в гербе поселения перекликаются с гербом Канашского района, подчеркивая их территориальное единство. Красный цвет – символ труда, мужества, красоты, олицетворяет выдающихся земляков, уроженцев этого края, являющихся гордостью республики и страны. Желтый – цвет осени, зрелых колосьев, урожая.

По сообщению В. Пермякова