Центр района - село Большая Атня.

Флаг Атнинского района утвержден решением Атнинского районного Совета №7 от 3 марта 2006 года, внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2273 и в Государственный геральдический реестр Республики Татарстан под №47. Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага Атнинского муниципального района:
"Флаг Атнинского муниципального района представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, в центре которого воспроизведен зелёный с жёлтым контуром цветок тюльпана и на его фоне – жёлто-белое символическое перо (наполовину состоящее из колоса) и обводящее цветок желтым контуром по периметру.
3.2. Обоснование символики флага Атнинского муниципального района.
Флаг Атнинского района разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает уникальность региона. Атнинская земля является одним из центров древней татарской культуры. Здесь в полной мере сохранились народные обряды и традиции, татарский литературный язык. Элемент традиционного национального орнамента – тюльпан символизирует верность местных жителей традициям народа; указывает на важную роль Атнинского района в сохранении и развитии материальной и духовной культуры татар.
Перо, вырисовывающее контур тюльпана – символ многовековой просвещённости, культуры, духовности Атнинской земли, как центра Заказанья, ставшей родиной многих великих людей – просветителей, учёных, поэтов. Здесь родился выдающийся учёный и духовный деятель Шигабутдин Марджани, татарские поэты Габдулла Тукай и Сибгат Хаким, крупный учёный языковед Рашид Рахмати-Арат.
Жёлтая (золотая) часть пера в виде колоса символизирует древние земледельческие традиции и современное высокотехнологическое сельскохозяйственное производство – основу экономики района.
Жёлтый цвет (золото) – символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты помыслов и стремлений, совершенства, мира и взаимопонимания.
Зелёный цвет – символ природы, здоровья, жизненного роста.
Голубой цвет – символ чести, благородства, духовности.
3.3. Авторская группа:
Идея флага: Хабибуллин Марат Махмутович (с.Большая Атня РТ)
Доработка флага произведена Геральдическим советом при Президенте Республики Татарстан совместно с Союзом геральдистов России в составе:
Рамиль Хайрутдинов (Казань), Радик Салихов (Казань), Ильнур Миннуллин (Казань), Константин Мочёнов (Химки), Кирилл Переходенко (Конаково), Оксана Афанасьева (Москва).

По материалам сайта "Территориальная геральдика Республики Татарстан"