Флаг Атратского СП утверждён Решением Собрания депутатов Атратского СП от 13 февраля 2019 года № 45/2. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 12332.

Описание флага Атратского сельского поселения Алатырского района Чувашской Республики
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Атратского сельского поселения в зелёном, красном, белом и жёлтом цветах.

Обоснование символики герба СП.
Жители села Атрать, основанного до 1624 г., и поселков, входящих в состав сельского поселения, занимались пчеловодством, охотой, сельским хозяйством, заготовкой и обработкой древесины, различными промыслами.
Зеленый цвет в гербе и серебряная рысь, обладающая особой отвагой, красотой и грацией, символизируют богатство и разнообразие флоры и фауны Алатырского участка Государственного природного заповедника «Присурский». Промышленный потенциал поселения состоит также в основном из лесоперерабатывающих предприятий.
Пчелиные соты в гербе указывают на занятие населения пчеловодством. Великая труженица и целительница, пчела подразумевает неутомимость, мудрость, усердие, организаторские способности. Она олицетворяет богатое наследие традиций, мастерство, сноровку, опытность местных умельцев, уважение жителей к своему прошлому, преемственность поколений.
Восьмилепестковая звезда Алатырь обозначает сохранение, опору, сбережение рода. Красный цвет созвучен цвету герба Алатырского района, выражает уважение жителей поселения к своему прошлому, отражает общность территории и единство муниципальных образований.

Автор флага - В. Шипунов (г. Мариинский Посад)

По сообщению В. Шипунова (г. Мариинский Посад)