Флаг Автово разработан Павлом Цыпленковым. Флаг по композиции соответствует гербу муниципального округа. Полотнище состоит из синей и красной горизонтальных полос, в центре - два белых якоря. Красный цвет символизирует храбрость и мужество жителей Автово в годы блокады (1941-1944 гг), голубой цвет - протяжённую границу Автово с водой (Финский залив). На территории Автово расположены два порта. Они также запечатлены в гербе: два серебряных морских якоря накрест. Флаг утвержден Постановлением Муниципального Совета муниципального образования Автово от 11 ноября 2004 года №62 и одобрен Геральдическим советом при президенте РФ.

По информации П.Цыпленкова