Муниципальное образование упразднено в 2017 году в связи с преобразованием бывшего Ступинского муниципального района в городской округ Ступино.

Флаг Аксиньинского утвержден решением Совета депутатов "сельское поселение Аксиньинское" от 10 июня 2009 года №30 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №5028. Описание флага:

"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее посередине белую горизонтальную волнистую полосу шириной в 1/9 ширины полотнища, сопровожденную вверху желтой четырехлучевой звездой, а внизу - тремя желтыми снопами".

Обоснование символики флага сельского поселения Аксиньинское.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и географические особенности сельского поселения Аксиньинское.
Белая волнистая полоса символизирует основную водную артерию поселения - реку Северку. На берегах реки и ее притоков расположены многие населенные пункты сельского поселения. Природную символику дополняет цветовая гамма флага: белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания и голубой цвет - символ бескрайнего неба и водных просторов; чести, благородства и духовности, аллегорически указывают на чистоту природы Аксиньинского поселения.
Символика желтых (золотых) снопов на флаге поселения многозначна:
- Ряд сел и деревень Аксиньинского сельского поселения имеет долгую историю и на протяжении многих лет традиционным занятием местных жителей было сельское хозяйство, отраженное на флаге желтыми снопами. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта.
- Три снопа образно символизируют три сельских округа: Аксиньинский, Большеалексеевский и Мещеринский, территории которых составили сельское поселение Аксиньинское.
Сноп - символ единения, общности, уверенности.
Звезда символ связи, путеводности, жизненной силы, энергии говорит об Аксиньинском сельском поселении как о молодом, динамично развивающемся, устремленном вперед муниципальном образовании, с обособленной территорией "Мещерино-1".
Авторская группа:
идея флага: Николай Дроздов, Георгий Максименко, Татьяна Верещагина, Александр Белов, (все Ступинский р-н), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефелова (Балашиха);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково)".

По материалам сайта Союза геральдистов России