Флаг Баягантайского наслега утверждён Решением наслежного Совета депутатов муниципального образования "Баягантайский наслег" № 9 от 22 апреля 2014 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10832.

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Баягантайский наслег» в красном, зелёном, жёлтом и белом цветах.

Источник - сообщение В.Маркова.