Флаг Бабяковского CП утвержден решением Совета народных депутатов Бабяковского сельского поселения от 11 октября 2018 года № 32. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12050.

2.1. Описание флага Бабяковского сельского поселения: «Прямоугольное двухстороннее полотнище зелёного цвета с отношением ширины к длине 2:3, вдоль нижнего края расположена белая полоса шириной ? ширины полотнища, несущая узкую волнистую полосу голубого цвета, шириной 2/45 ширины полотнища (горизонтальная ось волнистой полосы отстоит от нижнего края на 1/9 ширины полотнища). В центре полотнища изображены два жёлтых вздыбленных коня, между которыми, стоящая на белой части полотнища, желтая плетёная корзина с красными яблоками (фигуры из герба Бабяковского сельского поселения)».
...
2.3. Обоснование символики флага Бабяковского сельского поселения.
Бабяковское сельское поселение состоит их трёх населённых пунктов: села Бабяково (являющееся административным центром поселения) и двух поселков 1-го отделения совхоза «Новоусманский»и 2-го отделения совхоза «Новоусманский».
В 1594 году воеводой Воронежской крепости стал Иван Федорович Кобяков. Через год он основал слободку, располагавшуюся как на левом, так и на правом берегу реки Усмань и названную «Кобяковской» в честь основателя. Но со временем название было искажено, она стала называться «Бабяковской».
Первая деревянная церковь Рождества Богородицы была выстроена в селе в 1620-е годы, впервые упоминается в 1631 году. В 1787 (по другим данным в 1797) году, на месте деревянной, была выстроена новая каменная церковь Рождества Богородицы «с колокольней и пределом Рождества Христова в трапезе». Освящал новый храм, управляющий Воронежской епархией епископ Тихон III.
В 1812 году на битву с французами из села ушло 17 рекрутов.
В 1905 году в селе было 578 дворов и 4150 жителей, имелись земская и церковно-приходская школа, три кузни, пять паточных и 36 крахмальных заводов. Крестьяне занимались огородничеством, снабжая Воронеж овощами.
Советская власть в селе установлена в декабре 1917 года. В конце сентября 1919 года деникинцы захватили село, но 19 октября буденовцы выбили их. В 1922 году началось строительство электростанции.
В годы Великой Отечественной войны почти все взрослое мужское население было мобилизовано на битву с фашистами.
Посёлки 1-го и 2-го отделения совхоза «Новоусманский» расположены в северо-восточной части сельского поселения. Центральная усадьба Совхоза «Новоусманский» расположена на месте бывшего здесь с ХIХ века небольшого села Ивановское или Синицино, основанного М.С. Синициным.
Ныне село Бабяково активно застраивается новыми домами. Но и сейчас в селе сохранилось здание Земской школы (1912). Сейчас в Бабяково так же есть конноспортивный клуб с ипподромом, на котором в июле 2009 прошёл 10 чемпионат России русских троек.
Знаменито село и своим плодопитомником, которое выращивает широкий спектр посадочного материала. Здесь и фруктовые деревья (сливы, абрикосы, персики, яблони и другие), декоративные растения, ягодные кустарники (жимолость, малину, калину, ежевику) и много другое.
Символика флага Бабяковского сельского поселения многозначна:
- зелёная часть полотнища символически отражает земли поселения;
- 2 коня символически отражают расположенные в селе Бабяково ипподром и комплекс «Русская Усадьба», Конь для сельского жителя в первую очередь помощник в работе. На пахоте, на огороде, при поездках по бездорожью не обойтись без коня. Но и конные бега являются частью сельской жизни;
- волнистый пояс символизирует реку Усмань, протекающую по территории поселения. Серебряная выгнутая оконечность (земля) совпадает по цвету с оконечностью в гербе Новоусманского района, символизируя этим принадлежность сельского поселения Бабяковское этому району;
- корзина, доверху наполненная яблоками, аллегория рога изобилия, символа богатства и процветания;
- яблоки символически отражают известный плодопитомник.
Цвета поля щита и фигур дополняют символику герба.
Зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Жёлтый цвет (золото) – символ урожая, достатка, уважения, стабильности.
Красный цвет – символ труда и боевой славы, красоты, праздника и мужества.

Материалы геральдического архива В. Маркова со ссылкой на сайт СП.