Герб и флаг Багаевского района утверждены Решением Собрания депутатов Багаевского района от 19 февраля 2018 г. № 99. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11745.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Багаевский район» в красном, желтом, зеленом, голубом и белом цветах".

Описание герба (для справки):

"В червленом поле косой волнистый лазуревый, тонко окантованный серебром, крест, обремененный часовней (каплицей) на зеленой земле, обремененной двумя скрещенными шашками острием вниз; все фигуры золотые".

Волнистый крест - четыре реки в районе; шашки - историческое место проживания казаков.

По сообщению В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым