Флаг Баганского района утвержден решением четвертой сессии Совета депутатов Баганского района Новосибирской области от 26 мая 2005 года №42 "Об утверждении флага Баганского района". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 1988. Описание флага:

"Описание флага Баганского района:
Флаг Баганского района представляет собой прямоугольное полотнище, разделенное на три вертикальной полосы желтого, зеленого и желтого цветов, несущее в центре изображение желтого ара с черной летящей уткой.
Отношение ширины полос к длине флага определяется как 1:3:1.
Отношение ширины флага к его длине 2:3
Обоснование символики флага Баганского района:
Флаг Баганского района разработан на основе герба Баганского района .
Зеленый цвет - символ надежды, изобилия, возрождения, жизненных сил, олицетворяет Кулундинскую степь, на просторах которой раскинулся Баганский район.
Желтый цвет - солнце, дающее тепло и жизнь всему живому, в гербе символизирует радушие и гостеприимство жителей района.
Летящая утка символизирует природное своеобразие района, его бесчисленные озера, многие из которых соленные, а также говорит о названии района. "Баган" в переводе с тюркского обозначает "топкое место".
Желтые колосья на зеленом поле символизирует развитое земледелие, составляющее основу экономики Баганского района.
Составили флаг - Кошелев А.В., Журавков А.Ю.
Изобразил флаг - Журавков А.Ю.".

Отдельно оговорено, что флаг района служит геральдической основой для знамени Баганского района. Что это за цацка, пока не ясно..

По материалам сайта "Сибирской геральдической коллегии"