Герб и флаг Баганского сельсовета утверждены Решением Совета депутатов Баганского сельсовета от 31 октября 2016 года № 94. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11264.

"Флаг Баганского сельсовета основан на гербе Баганского сельсовета и представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из пяти вертикальных полос: зеленой, белой, синей, белой, зеленой в соотношении 9:1:3:1:9, с наложенным золотым караваем с плетенным в низу поясом и серебряной солонкой с видимой горкой соли, обремененным червлеными, положенными веером, девятью колосьями пшеницы. Отношение ширины флага к его длине 2:3".

В приложении к Положению о гербе и флаге приведена конструктивная схема полотнища флага.

Использованы материалы геральдического архива В. Маркова