Прежнее, немецкое, имя города - Прейсиш-Эйлау. Название Багратионовск - с 1946 года. В Калининградской области с советских времён существовал Багратионовский район. В 2004 году Багратионовский район был преобразован в Багратионовский городской округ, который существовал до 2008 года. Затем преобразован в муниципальный район.
Флаг Багратионовского района утвержден Решением Багратионовского районного Совета депутатов от 18.06.2003 № 64 "О флаге муниципального образования "Багратионовский район".
Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали на две равные полосы: верхнюю черную и нижнюю белую, воспроизводящие фигуры из гербовой композиции: чёрном поле – возникающий желтый лев с красными вооружениями; в белом поле – три чёрных креста, лапчатые на концах.
В 2003 году флаг Багратионовского района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1296.
В 2004 году Багратионовский район был преобразован в Багратионовский городской округ.
Решением Совета депутатов Багратионовского городского округа от 29 ноября 2006 года №79 "О внесении изменений в Решение о гербе и о флаге Багратионовского района" герб и флаг бывшего Багратионовского района стали гербом и флагом Багратионовского городского округа (см. редакцию Решения о флаге 2006 года). Сами символы не изменились. Решение вступило в силу со дня опубликования в газете "Новая жизнь", №93, 13 дек. 2006 года
Информация М.В.Ревнивцева со ссылкой на правовую справочную систему "Гарант"
В 2008 году Багратионовский городской округ вновь стал муниципальным районом, на его территории образованы муниципальные образования: "Багратионовское городское поселение", "Гвардейское сельское поселение", "Долгоруковское сельское поселение", "Нивенское сельское поселение", "Пограничное сельское поселение".
В 2016 году все муниципальные образования Багратионовского муниципального района были объединены в единое МО - Багратионовский городской округ.
С 1 января 2022 года статус муниципального образования изменен, теперь это Багратионовский муниципальный округ. Изменений в символике не последовало.