Флаг Байбекского сельсовета утверждён Решением Совета МО «Байбекский сельсовет» № 71 от 29 июля 2011 года.

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: голубого (вверху, шириной 4/5 ширины полотнища) и зеленого цветов, в центре которого поверх обеих полос – верблюд желотого цвета, стоящий головой к древку, навьюченный вьюком белого цвета и взнузданный уздечкой черного цвета, выше которого кривая сабля белого цвета с тупым широким концом и с рукоятью желтого цвета, расположенная горизонтально рукоятью от древка и лезвием вниз.

"Толкование Герба и ФЛАГА:
В древности через данную местность пролегал великий шелковый путь, поэтому в гербе золотой верблюд, нагруженный серебряными тюками с товаром.Кривой меч показывает, что данный путь всегда был опасен, в связи с нападением кочевых народов.

Флаг Байбекского сельсовета внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6962.

Материалы геральдического архива В. Маркова