Флаг Байкаловского сельского поселения утверждён Решением Думы МО Байкаловское сельское поселение от 14 апреля 2009 года №22. Описание флага:

"Полотнище синего цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее у древка стилизованное изображение решетки бороны габаритным размером в 1/4 полотнища; посередине оставшейся синей части помещено изображение журавля, выполненное белым, красным и черным цветами. Обратная сторона зеркально воспроизводит лицевую".

Синий цвет поля и борона в принятом гербе символизируют собой мирный труд и издавна практикуемое пашенное земледелие. Изображение журавля восходит к гербу Байкаловского муниципального района, а также символизирует собой природные богатства территории муниципалитета.

Материалы предоставлены Р.Ахмадулиным со ссылкой на А.Грефенштейна

Флаг поселения внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4754.