Флаг Бакалинского района утвержден решением Совета муниципального района Бакалинский район Республики Башкортостан от 17 июля 2006 года №108. Первоначально флаг был другим: по верхней и нижней кромкам полотнища проходили жёлтые полосы..., но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №3199, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №002. Автор флага: Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Бакалинского района в зеленом и желтом цветах".

Обоснование символики герба и флага района:

В гербе нашли отражение исторические, социально-экономические и иные особенности района.
Главное богатство района - земля. Согласно летописи в далеком XVII веке она принадлежала башкирам Киргизской, Бюлярской и других волостей. В результате их активного освоения появляется Бакалинская крепость, положившая впоследствии начало современному Бакалинскому району.
Главной фигурой герба является композиция из трех золотых колосьев в золотой подставке, которая означает, что основной деятельностью в районе является производство сельскохозяйственной продукции, занятие земледелием. Вся композиция указывает, что в районе проживает многонациональный, трудолюбивый народ, объединенный созидательным трудом.
Золотой цвет - это символ справедливости, милосердия, смирения, а также богатства, знатности и самостоятельности. Рельеф местности в районе увалисто-холмистый, покрытый березовыми, хвойными, дубовыми лесами, занимающими одну треть его территории. Две большие реки Сюнь и Ик, около 100 родников, 18 рукотворных прудов являются несомненным украшением и достоянием бакалинцев.
Ресурсы недр представлены месторождениями нефти, гравийно-песчаной смеси, глины, известкового камня. Поэтому цветом поля герба выбран зеленый цвет, символизирующий изобилие, плодородие, радость, свободу, покой и мир.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан