Флаг МО "Балаганский район" утвержден решением Думы Балаганского района от 30.08. 2017 г. № 7/7-рд и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 12975.

"Описание флага Балаганского района гласит:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равных частей: верхней и нижней. Вверху, в золотом поле – выходящий чёрный двуглавый орел с золотыми клювами и червлёными (красными) языками, коронованный императорскими коронами и сопровождаемый вверху такой же короной большего размера (без лент); внизу, в зелёном поле – три (две и одна) золотые бурятские треугольные шляпы «братских казаков".

Обоснование символики герба Балаганского района.
Флаг Балаганского района составлен на основе герба Балаганского района.
В основу герба Балаганского района взят исторический герб уездного города Балаганска Иркутского наместничества, Высочайше утвержденный 13 марта 1777 года, подлиное описание которого гласит: «Въ верхней половине щита, золотой, Императорскiй выходящiй орелъ; нижняя часть зеленая, съ тремя треугольными золотыми шляпами каковыя братскiе казаки носятъ изъявляя симъ полевое обитание окружнымъ сего города жителямъ, и что въ семъ городъ съ сихъ казаковъ собираютъ подать».
Орел символизирует храбрость, веру, победу, величие, власть
Чёрный цвет в геральдике символизирует благоразумие, мудрость, скромность, чест-ность и вечность бытия.
Красный – право, сила, мужество, любовь, храбрость.
Золото - символ высшей ценности, прочности, силы, великодушия. Вместе с тем, золото – это цвет солнца, зерна, плодородия.
Зелёная часть герба показывает, что Балаганский район в основе своей является сельско-хозяйственным.

Авторская группа:
Идея флага: Администрация Балаганского района, Константин Мочёнов (Химки)
обоснование символики: Галина Туник (Москва)
компьютерный дизайн: Юрий Коржик (Воронеж).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Пермяковым.