Флаг Балахтинского района утвержден Решением Балахтинского районного Совета депутатов от 30 января 2008 года №30-353р и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №3758.

2. ОПИСАНИЕ ФЛАГА БАЛАХТИНСКОГО РАЙОНА
2.1. Описание Флага:
"Флаг Балахтинского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Балахтинского района в зеленом, синем, белом и желтом цветах".
2.2. Обоснование символики Флага:
Балахтинский район располагается по обоим берегам Красноярского водохранилища (моря), правобережье - отроги Восточного Саяна с хвойными лесами, а большая часть левобережья - лесостепная часть Хакасско-Минусинской котловины. Знаковым явлением для района является и протекающая река Чулым. Район пересекает магистраль федерального значения Красноярск - Абакан - Кызыл. Все это нашло отражение в геометрии герба.
Золотая рыба - "балыкта" ("рыбное место") - называли местность чулымские татары.
Серебряный фонтан - в 30 км от п. Балахта расположен известный в Сибири санаторий "Красноярское Загорье" на базе Кожановского месторождения минеральных вод. В район объединены 13 муниципальных образований (12 сельсоветов и 1 поселок).
Синий цвет (лазурь) - богатство водными ресурсами.
Зеленый цвет - символ лесных богатств и природного изобилия земли Балахтинской.

Авторская группа: В. Б. Дюков, Н. Соболев, С. Серебренников, А. Сорокин, С. Андрюкевич