Флаг Балтачевского района утвержден решением Совета муниципального района Балтачевский район Республики Башкортостан от 17 июля 2006 года № 10/115. Первоначально флаг был другим: эмблема (без солнца) размещалась в середине сине-красного биколора..., но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №3200, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №039. Автор флага: Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3, с вертикальными полосами красного цвета (каждая шириной 1/5 длины полотнища) по краям, в центре которого вверху - цветок с серединой белого цвета и заостренными лепестками желтого цвета, внизу - чаша желтого цвета, из которой веерообразно выходят семь колосьев желтого цвета".

Обоснование символики герба и флага района:

Герб символизирует исторические, духовно-культурные, национальные и другие местные традиции и особенности Балтачевского района. Основными фигурами герба являются солярный круг "солнце" и чаша с колосьями, символизирующие изобилие, богатство, а также то, что основным занятием и основой благополучия жителей является земледелие.
Семь хлебных колосьев в гербе символизируют единение семи родов, положивших начало объединению народов Республики Башкортостан.
Красный цвет - символ мужества, самоотверженности, жизнеутверждающей силы. Этот цвет символизирует также богатое историческое прошлое района, мужество балтачевцев и их любовь к свободе. На территории района происходили судьбоносные сражения войска мужественного сына, национального героя башкирского народа Салавата Юлаева. На балтачевской земле родился Батырша (Г. Галиев) - вдохновитель и организатор восстания башкирского края 1755 года, автор трактата о Башкирии первой половины 18 века. В годы Великой отечественной войны балтачевцы проявили героизм на фронтах и в трудовом тыле.
Золотое солнце с серебряной серединой олицетворяет вечность, весеннее обновление природы и торжество жизни.
Белый цвет означает миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству, чистоту помыслов.
Золото - символ высшей ценности, величия, богатства, изобилия.
Серебро - символ веры, духовности, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, так свойственных балтачевцам.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан. Текст документа от В. Маркова