Прежнее название города - Пиллау. В 2008 году Балтийский городской округ преобразован в Балтийский муниципальный район. В состав района входили: Балтийское городское поселение, Приморское городское поселение, Сельское поселение Дивное. В 2018 году Балтийский муниципальный район преобразован в Балтийский городской округ, все муниципальные образования в его составе утратили муниципальный статус. В административно-территориальном отношении Балтийский район в 2019 году преобразован в город областного значения Балтийск.

Флаг города Балтийска утверждён Решением Балтийского городского совета депутатов № 37 от 26 апреля 2011 года Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6982.

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба МО «Город Балтийск» в красном, белом, синем цветах.

Материалы геральдического архива В. Маркова